Helixer–_de novo_ Prediction of Primary Eukaryotic Gene Models Combining Deep Learning and a Hidden Markov Model
还没有发表,论文链接
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.02.06.527280v2
github主页 https://github.com/weberlab-hhu/Helixer
这个工具还提供了直接可以使用的在线版 https://www.plabipd.de/helixer_main.html
在线版最大可以上传1个G的基因组,应该满足绝大部分的需求了,即使是大基因组也可以按染色体拆分上传
运行了网页版上的示例数据,22M的染色体,4分钟就跑完了
论文中注释结果比较的部分提到的两款软件是Augustus和 GenemarkES
注释输出的gff文件
没有尝试在本地安装,github主页提供了docker或者singularity的安装方法,还需要用到GPU,这块的概念还不是很理解,需要花时间学习docker和singularity了