第5天生信学习笔记-微信公众号生信星球

拿小本本记下来

（1）R的规范赋值符号是<-，也可以用=代替 （2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行  （3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。 （4）显示工作路径 getwd() （5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。 （6）表格在R语言中称为数据框^_^ （7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。 （8）数据类型（重点只有两个）

• 向量（vector）👈重要
• 数据框（Data frame）👈重要

part1：向量

1.标量和向量的区分

首先明确“元素”的意思，元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词： 标量：一个元素组成的变量 向量：多个元素组成的变量

（补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。）

理解元素、向量和标量

使用时，一般都会直接给变量定义，也就是“赋值”，字面意思是赋予这个变量一个数值（其实也不一定是数值，还可以是字符串/数据框等等）。

x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。xx<- 1:10 #从1-10之间所有的整数x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次x

tips：

如果把这几行代码都打过了，那么x就被赋值了4次，结果就是，第一次赋值被第二次的覆盖了，第二次的赋值又被第三次的覆盖了，以此类推，以最后一次为准。

2.从向量中提取元素

（1）根据元素位置

#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

（2）根据值

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

Part2：数据框

将示例数据放在你的工作目录下（！！！）

示例数据是如何获得的？ （1）新建doudou.txt，输入以下（如果教程里让你新建，又没说在哪里，你就默认在工作目录下新建。） X1,X2 A,1 B, C, D,3 E, 小抄截图中显示的NA表示空值，所以新建的时候像我一样空着就好。 用以下命令即可获得示例数据框： X<-read.csv('doudou.txt')

（1）读取本地数据

（huahua.txt在示例数据里有，记得一定要放在工作目录里，否则报错。）

获取示例数据：在公众号后台回复：“数据类型”即可获得

sep，header是比较常用的参数，可以看帮助文档尝试理解它们的意思

（2）查看行名和列名、行数和列数

colnames(a) #查看列名
rownames(a) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
dim(a)#几行几列

（3）数据框的导出

write.table(a,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

（4）变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(a,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

（5）提取元素

(这里的X是的刚才的变量名，实际应用要懂得替换。刚才让师姐测试我教程的时候很担忧你们粗暴地复制我的代码，最后啥也没看懂。)

- a[x,y]#第x行第y列
- a[x,]#第x行
- a[,y]#第y列
- a[y] #也是第y列
- a[a:b]#第a列到第b列
- a[c(a,b)]#第a列和第b列
- a$列名#也可以提取列（优秀写法，支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

（6）【选修部分】直接使用数据框中的变量

iris是R语言的内置数据，可以直接使用。提取某两列作散点图：

plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)

学习一下脚本的使用和保存：将上面的代码复制到一个新的R脚本中。

然后保存到工作目录下，用凡人的方式打开，你会看到它长这样。

请注意脚本文件的后缀就是R，在R语言里还是很在意后缀的。很多复杂的代码都是大神写的，就是以脚本的形式给你，要用的时候直接找到他，用Rstudio打开就好。