Day7-i 生信星球学习--测序知识

Day7-i 生信星球学习--测序相关知识

双脱氧核苷酸 ddNTP

一代测序（Sanger测序）

准确性高，通量低，成本高

二代测序

读长短，拼接困难，PCR技术增加了测序的错误率

1.Roche公司的454技术

平台：罗氏454公司的GS FLX sequencer

第二代测序技术中第一个商业化运营的测序平台

2.illumina公司的Solexa/Hiseq技术

平台：Illumina solexa genome analyzer

3.ABI公司的SOLID技术

平台：ABI公司的SOLiD sequencer

三代测序

PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术——目前来说准确率较低

测序相关名词定义：

flowcell： 测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lane

lane： 测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置

tile： 每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的

双端测序： 可能序列比较长有四五百bp，两边各测120-150bp

junction： 双端测序中间一些没有测到的区域

flowcell构造：一个lane包含两列（swath），每一列有60个tile，每个tile会种下不同的cluster，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）

边合成边测序（sequence by synthesis, SBS）～合成

构建DNA文库

上样

桥式PCR

测序

名词结构化

基因组学（核酸序列分析）

（1）全基因组测序（WGS）

（2）全外显子组测序（WES）

（3）简化基因组测序（RRGS）

作用：

（1）基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）

（2）核苷酸序列分析

（3）基因定位

（4）基因功能分析

其它：

（1）以全基因组测序为目标的结构基因组学

（2）以基因功能鉴定为目标的功能基因组学

转录组学（基因表达分析）

（1）mRNA-Seq

（2）IncRNA-Seq（长链非编码RNA）

（3）sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）

作用：

（1）获得物种或者组织的转录本信息

（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等

（3）发现新的基因

（4）基因结构优化

（5）发现可变剪切

（6）发现基因融合

（7）基因表达差异分析

蛋白质组学

（1）蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定

（2）构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用

（3）蛋白质结构功能预测

（4）蛋白质连锁图

代谢组学

（1）代谢物指纹分析

（2）代谢轮廓分析