Linux环境安装R包Rglpk报错

生信喵实验柴

发布于 2024-02-28 17:19:26

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发布于 2024-02-28 17:19:26

背景

使用服务器的R语言，安装poppr包过程中，报错：

In file included from vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.c:32:
vendor/cigraph/src/internal/glpk_support.h:39:10: fatal error: glpk.h: No such file or directory
   39 | #include <glpk.h>
      |          ^~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [/data1/username/0030.software/python/3.8/envs/r-4.3.2/lib/R/etc/Makeconf:193: vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘igraph’

其中主要是Rglpk包安装不上，原因是找不到共享的依赖。

搜了很多教程，有需要root管理员权限使用yum安装glpk的，秉承不随意使用root的原则，接下来，我们以普通用户解决该问题。

解决方案

1.安装Glpk到用户目录，用于R依赖

cd ~
wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz
tar xfzv glpk-4.54.tar.gz
mkdir GLPK
cd glpk-4.54
./configure --prefix=/home/username/GLPK
make
make install

2.下载Rglpk包

cd /path/to/rpackages
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-5.1.tar.gz
tar xvf Rglpk_0.6-5.1.tar.gz

3.让R可以识别到依赖

因为我的R安装是使用conda安装的，所以我先激活了环境。

移动文件，并设置变量，让R可以识别到依赖。

mamba activate r-4.3.2
mv /home/username/glpk-4.54 /path/to/rpackages/Rglpk/src/GLPK

export LD_LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib
export LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib
export CPATH=/home/username/GLPK/include

接下来，命令行安装。