LSF作业系统无法启动

生信喵实验柴

发布于 2024-03-06 15:38:09

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发布于 2024-03-06 15:38:09

背景

最近使用linux系统module模块安装中，使用root用户，执行以下高危命令后

chown -R sysop:sysop /share/apps/repos
yum remove environment-modules.x86_64

导致lsf系统无法启动，xcat无法通信等，折腾了几次perl模块，xcat通信正常后。lsf系统还是异常

lsload显示节点正常启动，但是bhosts/bjobs依然提示lsf is down，please wait

解决方案

1 通过查询ibm公司排错流程

https://www.ibm.com/docs/zh/spectrum-lsf/10.1.0?topic=problems-solving-common-lsf

找到mbatchd日志文件

tail -fn 100 /share/apps/lsf/log/mbatchd.log.mgt |head
输出以下内容
Feb 29 19:33:21 2024 240794 3 9.1.3 init_log: Log directory </share/apps/lsf/work/cluster1/logdir> not owned by LSF administrator <lsfadmin/1000> (owner ID is 0)

可以看出日志报错，lsf目录权限不为lsfadmin所有，因为背景中提到我给了sysop，后续排错中，我又给了root。基本找到原因了。

2 下面在ibm官网确认这个事情的解决方案

https://www.ibm.com/docs/zh/spectrum-lsf/10.1.0?topic=overview-important-directories-configuration-files

以上链接展示了 conf work log的权限应该是lsfadmin的。下面将权限移交回lsfadmin，并重新启动lsf。

chown -R lsfadmin:lsfadmin /share/apps/lsf/log
chown -R lsfadmin:lsfadmin /share/apps/lsf/work
chown -R lsfadmin:lsfadmin /share/apps/lsf/conf
lsf_daemons restart