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R学习 作图

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guacamole
发布2024-03-12 17:44:28
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发布2024-03-12 17:44:28
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文章被收录于专栏:生信学习笔记

作图目的:展示自己的数据

作图工具

基础包(base)

略显陈旧

代码语言:{r}
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plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) #点图,指定横纵坐标、颜色
text(6.5,4, labels = 'hello')#在坐标(6.5,4)加一个标记'hello'

ggplot2

设置横纵坐标和属性

代码语言:{r}
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ggplot(data = iris) + 
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length), 
             color="blue",#点的颜色
             size = 3,     # 点的大小5mm
             alpha = 0.5,  # 透明度 50%
             shape = 8)  # 点的形状

映射:按照数据框的某一列来定义图的某个属性

默认红绿蓝

代码语言:{r}
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ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species))+
  scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))#指定映射的颜色

使用现成的配色方案(ggplot2中内置了RColorBrewer)

获取此包中所有配色方案

代码语言:{r}
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library(RColorBrewer)
display.brewer.all(type = "all")

根据数据特点选择配色方案

离散型颜色(离散型)、单种颜色渐变色(连续型)、两种颜色渐变色(连续型)

代码语言:{r}
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ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x=Sepal.Length,
                           y=Petal.Length,
                           color=Species))+
  scale_color_brewer(palette = "Set2")

区分color和fill

color是图形颜色,fill在又有边框又有填充色时使用

代码语言:{r}
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ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species),
             shape = 24,
             fill = "black")+
  scale_color_brewer(palette = "Set2")

位置

代码语言:{r}
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ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Species, 
                                 y = Sepal.Width,
                                 fill = Species)) + #箱型图应用fill填充颜色
  geom_boxplot()+
  geom_jitter()+ #加入随机,使点在图中不重叠
  theme_bw()#改变主题(去除灰格背景)

图片保存

基础包保存(base)

代码语言:{r}
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pdf("iris_box_ggpubr.pdf")#保存的函数及文件名
boxplot(iris[,1]~iris[,5])
text(6.5,4, labels = 'hello')#作图代码
dev.off()#关闭画板

ggplot2

代码语言:{r}
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p <- ggboxplot(iris, x = "Species", 
               y = "Sepal.Length",
               color = "Species", 
               shape = "Species",
               add = "jitter")
ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")
ggsave("iris_box_ggpubr.png")

eoffice包 导出为ppt,全部元素都是可编辑模式

代码语言:{r}
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library(eoffice)
topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")

引用自生信技能树 小洁老师

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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