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R语言day6.5:ggpbur函数画图和保存

原创
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不会写代码的医学生
修改2024-03-13 16:12:45
1030
修改2024-03-13 16:12:45
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先来一个 小试牛刀

画出下图的代码

1.先画雏形

代码语言:r
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library(ggplot2)
ggplot(data = iris,aes(Sepal.Width,Species))+
   geom_violin()+
   geom_boxplot()+
   geom_jitter()
代码语言:r
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#图层的叠放顺序由什么决定
#先写的先放

2.设置背景颜色

代码语言:r
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ggplot(data = iris,aes(Sepal.Width,Species))+
   geom_violin(aes(fill = Species))+
   geom_boxplot()+
   geom_jitter(aes(shape = Species))+
  theme_classic()

运行一下以上代码,看看画出来的图是不是一模一样!

讲一个函数sample()

代码语言:r
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sample(letters,3)
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## [1] "i" "s" "w"
代码语言:r
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sample(letters,27,replace = T)
代码语言:r
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##  [1] "p" "n" "g" "s" "r" "e" "z" "c" "t" "h" "g" "w" "w" "f"
## [15] "q" "a" "m" "i" "u" "w" "n" "l" "f" "h" "x" "d" "s"
代码语言:r
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set.seed(5)#设置随机种子,保证每一次都取这些数
sample(letters,3)
代码语言:r
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## [1] "b" "k" "o"
代码语言:r
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m = c("xiaoli","xiaole","xiaofang",letters)
set.seed(18780)
sample(m,10)
代码语言:r
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##  [1] "w"      "d"      "r"      "k"      "v"      "xiaoli"
##  [7] "s"      "t"      "x"      "o"
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m2 = c(paste0("入门",1:6),paste0("挖掘",1:3))
m2
代码语言:r
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## [1] "入门1" "入门2" "入门3" "入门4" "入门5" "入门6" "挖掘1"
## [8] "挖掘2" "挖掘3"
代码语言:r
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set.seed(10086)
sample(m2,1)
代码语言:r
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## [1] "入门2"
代码语言:r
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set.seed(19875)
sample(m2,1)
代码语言:r
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## [1] "入门1"
代码语言:r
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set.seed(1710165991)
sample(m2,1)
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## [1] "挖掘3"

画图的另一个函数 ggpubr函数

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# ggpubr 搜代码直接用,基本不需要系统学习

# sthda上有大量ggpubr出的图
library(ggpubr)
p = ggboxplot(iris, x = "Species", y = "Sepal.Length",
              color = "Species", shape = "Species",add = "jitter")
p

ggpubr比ggplot函数增加了一个组间比较

代码语言:r
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my_comparisons <- list( c("setosa", "versicolor"), 
                        c("setosa", "virginica"), 
                        c("versicolor", "virginica") )
p + stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,
                       aes(label = after_stat(p.signif)))

图片保存的三种方法

1.基础包作图的保存

代码语言:r
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pdf("iris_box_ggpubr.pdf") #图的文件名称有意义
boxplot(iris[,1]~iris[,5])
text(6.5,4, labels = 'hello')
dev.off() #关闭画板#可多次运行到null device为止或dev.new()
代码语言:r
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## RStudioGD 
##         2

2.ggplot系列图(包括ggpubr)通用的简便保存 ggsave

代码语言:r
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p <- ggboxplot(iris, x = "Species", 
               y = "Sepal.Length",
               color = "Species", 
               shape = "Species",
               add = "jitter")
ggsave(p,filename = "iris_box_ggpubr.png")

3.eoffice包 导出为ppt,全部元素都是可编辑模式

代码语言:r
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library(eoffice)
topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")#超多点和超多行列不行,ppt会卡掉

#https://mp.weixin.qq.com/s/p7LLLvzR5LPgHhuRGhYQBQ

拼图r包 patchwork

引用自生信技能树课程

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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目录
  • 先来一个 小试牛刀
  • 画出下图的代码
  • 讲一个函数sample()
  • 画图的另一个函数 ggpubr函数
    • ggpubr比ggplot函数增加了一个组间比较
    • 图片保存的三种方法
      • 1.基础包作图的保存
        • 2.ggplot系列图(包括ggpubr)通用的简便保存 ggsave
          • 3.eoffice包 导出为ppt,全部元素都是可编辑模式
            • 拼图r包 patchwork
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