GEO芯片数据下载和在R语言的准备

原创

不会写代码的医学生

发布于 2024-03-15 14:33:46

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发布于 2024-03-15 14:33:46

文章被收录于专栏：R语言的基本操作R语言的基本操作

差异基因分析思路

bing搜索GEO进入官网出现如下界面

数据集编号开头代表：

GPL 平台（platforms）

GSE 系列（series）

GSM 样本（samples）

点击Series进入搜索相关数据集，在Series type一栏

基因芯片表达矩阵就是探针表达矩阵，因为序列不变，基因会更新

基因表达芯片的原理：探针的表达量代表基因的表达量

#探针是根据截取的基因片段设计出来，与靶基因反向互补的核苷酸短序列

点array就是筛选芯片数据

进入一个系列，点击GPLxxxx（platforms）

需要ID 和Gene_symbol 这两列

在GSMxxx样本里看一下数据范围是否正常

ID_REF与VALUE value在0-24范围内正常（取过log）

芯片数据在Series Matrix Files里面

转录组和单细胞数据在Supplementary file

在R语言中的操作

准备工作

options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

cran_packages <- c('tidyr',
                   'tibble',
                   'dplyr',
                   'stringr',
                   'ggplot2',
                   'ggpubr',
                   'factoextra',
                   'FactoMineR',
                   'devtools',
                   'cowplot',
                   'patchwork',
                   'basetheme',
                   'paletteer',
                   'AnnoProbe',
                   'ggthemes',
                   'VennDiagram',
                   'tinyarray') 
Biocductor_packages <- c('GEOquery',
                         'hgu133plus2.db',
                         'ggnewscale',
                         "limma",
                         "impute",
                         "GSEABase",
                         "GSVA",
                         "clusterProfiler",
                         "org.Hs.eg.db",
                         "preprocessCore",
                         "enrichplot")

for (pkg in cran_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T,quietly = T) ) {
    install.packages(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T) 
  }
}


for (pkg in Biocductor_packages){
  if (! require(pkg,character.only=T,quietly = T) ) {
    BiocManager::install(pkg,ask = F,update = F)
    require(pkg,character.only=T) 
  }
}

#前面的所有提示和报错都先不要管。主要看这里
for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){
  require(pkg,character.only=T) 
}
#没有任何提示就是成功了，如果有warning xx包不存在，用library检查一下。

#library报错，就单独安装。

引用自生信技能树

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

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