fishplot | 太形象的时间进程 "鱼图",推荐...

DataCharm

发布于 2024-03-19 12:57:27

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发布于 2024-03-19 12:57:27

前言

我们的数据可视化课程已经上线啦！！目前课程的主要方向是科研、统计、地理相关的学术性图形绘制方法，后续也会增加商务插图、机器学等、数据分析等方面的课程。课程免费新增，这点绝对良心！
我们第一个数据可视化交流圈子也已经上线了，主要以我的第一本书籍《科研论文配图绘制指南-基于Python》为基础进行拓展，提供「课堂式」教学视频，还有更多拓展内容，可视化技巧远超书籍本身，书籍修正和新增都会分享到圈子里面~~
参与课程或者圈子的你将获取到：学员答疑、可视化资源分享、可视化技巧补充、可视化业务代做(学员和甲方对接)、副业交流、提升认知等等。

「fishplot」-太形象的时间进程 "鱼图"

今天找资料的时候，又发现了一个“哇塞”的数据可视化工具-「fishplot」，用于绘制时间进程鱼图，专门显示肿瘤克隆结构的变化。医学类的同学赶紧用起来啦~~

fishplot包安装由于是专门正对某一个人物研发的可视化工具包，所以使用devtools包安装方式,如下：

#install devtools if you don't have it already for easy installation
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("chrisamiller/fishplot")

fishplot包使用方法可以通过下方方法进行该工具包的使用：

    library(fishplot)

    #provide a list of timepoints to plot
    #You may need to add interpolated points to end up with the desired
    #visualization. Example here was actually sampled at days 0 and 150
    timepoints=c(0,30,75,150)      

    #provide a matrix with the fraction of each population
    #present at each timepoint
    frac.table = matrix(
      c(100, 45, 00, 00,
         02, 00, 00, 00,
         02, 00, 02, 01,
         98, 00, 95, 40),
      ncol=length(timepoints))

    #provide a vector listing each clone's parent
    #(0 indicates no parent)
    parents = c(0,1,1,3)

    #create a fish object
    fish = createFishObject(frac.table,parents,timepoints=timepoints)

    #calculate the layout of the drawing
    fish = layoutClones(fish)

    #draw the plot, using the splining method (recommended)
    #and providing both timepoints to label and a plot title
    fishPlot(fish,shape="spline",title.btm="Sample1",
             cex.title=0.5, vlines=c(0,150), 
             vlab=c("day 0","day 150"))