DotPlot中的Average expression图注竟然消失了
原创DotPlot中的Average expression图注竟然消失了
原创
生信小博士
发布于 2024-03-22 00:16:26
发布于 2024-03-22 00:16:26
问题来源
无意间发现seurat中的Dotplot画图时候，不管是在seurat的v4 还是v5版本。都存在这个“bug”：右边本该出现的Average expression图注消失了，如何把它恢复呢？
正常的样子，右边是有图注的
DotPlot(pbmc,features = c("CD3E",'C1QA','GZMK'),cols = c("red3", "green3"), dot.scale = 15, )
从seurat的github讨论来看，目前这个“问题”还未修复，估计未来也不会修复了。
曲线救国
- 如果你不喜欢这个图
DotPlot(pbmc,features = c("CD3E",'C1QA','GZMK'),split.by = "group",cols = c("red3", "green3"), dot.scale = 15, )
- 那么可以这样改一下，就可以显示图注。
pbmc$cell.type_splitby_group=paste0( pbmc$cell.type,"_",pbmc$group)DotPlot(pbmc,features = c("CD3E",'C1QA','GZMK'),group.by = "cell.type_splitby_group",cols = c("red", "green3"), dot.scale = 15, )
锦上添花
如果你还想让Dotplot图变得更好看，可以参考我的参数。
或者看我之前如何调整Dotplot细节的推文：单细胞seurat对象-气泡图dotplot美化-颜色配色-自定义修改
library(ggplot2)p=DotPlot(pbmc,features = c( "CD3E",'C1QA','GZMK' ),group.by ="cell.type_splitby_group" )+RotatedAxis()p2 = p+ggplot2::coord_flip()+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 45,size = 9)) #,face = 'bold'p2
参考：
https://github.com/satijalab/seurat/issues/2487https://github.com/satijalab/seurat/issues/6320原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
评论
登录后参与评论
推荐阅读
目录