1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
2.选择Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,右键复制链接
3.登录服务器,进入拟安装目录
4.运行wget 复制的链接
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
5.运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
,开始安装
6.激活condasource ~/.bashrc
7.命令行输入conda
,出现conda介绍信息,说明安装成功
8.安装镜像:全部复制粘贴并运行
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
1.查看所有软件列表conda list
2.安装软件conda install 软件名称 -y
,如conda install fastqc -y
指定软件版本号:conda install fastqc=0.11.7 -y
3.输入fastqc --help
,出现软件帮助文档,即安装成功
1.查看当前环境conda info --envs
(*表示当前激活的环境)
(base) bio04@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio04/miniconda3
2.建立一个名叫rna-seq的conda环境,指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3.激活新的环境conda activate rna-seq
,查看当前环境conda info --envs
,可见*转移至rna-seq前
# conda environments:
#
base /home/bio04/miniconda3
rna-seq * /home/bio04/miniconda3/envs/rna-seq
4.输入fastqc
,出现大段信息提示该软件已安装并可使用
5.退出当前环境conda deactivate
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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