生信技能树七天学习小组 Day3笔记

开始第三天的学习！今天开始学习的时间比前两天都早！可喜可贺！

某位大神说过：我们都是被windows惯坏的人！确实如此，习惯了鼠标点点点，在没有双击只有代码的linux环境下真的非常陌生……每一步都有如履薄冰的感觉……如果有具体需要分析的数据以及实战经历的话可能更好理解呜呜┭┮﹏┭┮

先放上今天的思维导图！

必修部分

conda miniconda是什么？

conda是linux环境下的应用商店，需要的软件都要从上面下载

是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件的依赖问题

miniconda的安装与使用

miniconda的安装

• 找到miniconda的清华镜像网站
• 复制链接
• 登录服务器，进入目录，使用wget命令下载

cd biosoft 
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39\\_24.1.2-0-Linux-x86\\_64.sh

• 安装：bash

bash Miniconda3-py39_24.1.2-0-Linux-x86_64.sh

注意bash后面跟的内容要看上一步saving to后面跟的…….sh（.sh脚本文件后缀）

conda软件下载、安装成功之后别忘了激活！

source ~/.bashrc

⭐miniconda的使用

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda listconda install fastqc conda install fastqc -y
• 安装软件conda install

📚选修拓展：

• 创建新的环境：conda create -n 在进行不同的分析时需要创建不同的conda环境/分身，在某个环境下安装某些需要使用的软件以及指定这些软件的版本

创建新的环境之后可以查看当前环境，也不要忘了激活这个新的环境！conda activate

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

Trimmomatic (测序数据质控)：Trimmomatic 用于去除Illumina平台的FASTQ序列中的Adapter，根据碱基质量值修整FASTQ序列文件

接下来可以使用这个新环境中的一些软件啦！fastqc