将 Cromwell 和 Volcano 在 Kubernetes 集群中集成,使用 Volcano 作为 Cromwell 调度器,涉及到在Kubernetes集群上安装和配置这两个系统以及确保它们能够无缝协作。
以下是一个基于理解和实际操作经验的概括步骤,旨在指导如何进行这一集成:
确保你已经部署了 Kubernetes 集群,并且你的环境满足 Cromwell 和 Volcano 的运行要求。如果你是在云平台上,可以利用云服务提供商的 Kubernetes 服务。或者,你也可以在本地环境中使用 Minikube 来创建一个 Kubernetes 集群用于测试和开发目的。
kubectl apply -f https://raw.githubusercontent.com/volcano-sh/volcano/master/installer/volcano-development.yaml
Cromwell需要被配置为使用Kubernetes作为其执行环境,同时通过配置使其能够识别和利用Volcano作为作业调度器。
一旦 Cromwell 和 Volcano 被配置为在 Kubernetes 集群中一起工作,你应该进行测试以验证集成是否成功。这可以通过提交一个测试工作流给 Cromwell,并监控其在 Kubernetes 集群中的执行情况来完成,同时检查 Volcano 是否正确调度了这些作业。
通过以上步骤,你可以在 Kubernetes 集群中集成 Cromwell 和 Volcano,利用 Volcano 强大的调度能力来优化 Cromwell 的工作流执行,实现更高效的生物信息学数据分析。