scQTLbase——人类单细胞eQTL数据库

文章：Ding, R., Wang, Q., Gong, L., Zhang, T., Zou, X., Xiong, K., ... & Li, L. (2024). scQTLbase: an integrated human single-cell eQTL database. Nucleic Acids Research, 52(D1), D1010-D1017. https://academic.oup.com/nar/article/52/D1/D1010/7288825

网站：http://bioinfo.szbl.ac.cn/scQTLbase

scQTLbase 是一个综合性的数据库，专门用于探索人类单细胞表达数量性状位点（sc-eQTLs），这些数据可以揭示细胞类型特异性基因调控的遗传基础。scQTLbase 整合了来自不同来源的304个 sc-eQTL 数据集，涵盖了57种细胞类型和95种细胞状态。它包含约 1600 万个与细胞类型/状态基因表达显着相关的 SNP，以及来自 3,333 种性状/疾病的约 69 万个与疾病相关的 sc-eQTL。

scQTLbase 数据库包括三种主要类型的 eQTLs：

• cell-type-specific eQTLs (63.82%),
• response eQTLs (24.34%)
• dynamic eQTLs (5.26%)

scQTLbase 的主要功能包括：

1. 单细胞eQTL搜索：用户可以根据感兴趣的GWAS数据集进行sc-eQTL搜索。
2. 基因表达可视化：提供UMAP图谱来可视化基因表达。
3. 基因组浏览器：便于用户浏览特定的基因组区域。
4. 共定位可视化：基于感兴趣的GWAS数据集进行共定位可视化。