【孟德尔随机化】两种水平多效性检验方法结果不一样？

mr_pleiotropy_test函数和mr_presso函数

在跟师姐交流的时候，师姐指出了一个水平多效性相关的问题：

明明都是用来检测水平多效性是否存在的两个函数，为啥结果不一致呢？如何解释这样的情况呢？

发现网上也有人在问这个问题，所以正好趁这个机会对这两个函数及其背后的意义进行更深入的学习——

The MR-PRESSO global test evaluates overall horizontal pleiotropy among all IVs in a single MR test by comparing the observed distance of all the variants to the regression line (residual sum of squares) with the expected distance under the null hypothesis of no horizontal pleiotropy[1]. MR-PRESSO 全局测试通过将所有变体与回归线（残差平方和）的观察距离与无水平多效性零假设下的预期距离进行比较，评估单个 MR 测试中所有 IV 之间的总体水平多效性。

作者指出⬇

当存在很大比例的水平多效性变异（>50%）时，校正所有变异中的全局平均水平多效性的方法是最适合的！！！

至于另外一个函数：

The intercept represents the average pleiotropic effect across the genetic variants (the average direct effect of a variant with the outcome). If the intercept differs from zero (the MR-Egger test), then there is evidence of directional pleiotropy[2]. 截距代表所有基因变异体的平均多向效应（变异体对结果的平均直接效应）。如果截距不同于零（MR-Egger 检验），则有证据表明存在水平多效性。

Egger回归中截距的估计值可解释为整个遗传变异的平均多效性的估计值。截距项不同于零，则表明存在整体水平多效性。

找找看MR文章[3]中对这两种方法的描述——

无独有偶，在另外一篇文献的补充材料里，我看到了这样的描述：

在对应的正文部分，作者提到：MR-Egger intercept test (Bowden et al., 2015) and global test of MR-PRESSO (Verbanck et al., 2018) were employed to detect for the presence of pleiotropy [4].

也就是说，这两种方法都可以用来检测多效性，且结果并不冲突，如实报告结果即可。

参考文献

[1] Verbanck, M., Chen, CY., Neale, B. et al. Detection of widespread horizontal pleiotropy in causal relationships inferred from Mendelian randomization between complex traits and diseases. Nat Genet 50, 693–698 (2018).

[2] Bowden J, Davey Smith G, Burgess S. Mendelian randomization with invalid instruments: effect estimation and bias detection through Egger regression. Int J Epidemiol. 2015;44(2):512-525.

[3] Yang J, Liu P, Wang S, Jiang T, Zhang Y, Liu W. Causal relationship between sarcopenia and osteoarthritis: a bi-directional two-sample mendelian randomized study. Eur J Med Res. 2023;28(1):327. Published 2023 Sep 9.

[4] Li GH, Cheung CL, Chung AK, et al. Evaluation of bi-directional causal association between depression and cardiovascular diseases: a Mendelian randomization study. Psychol Med. 2022;52(9):1765-1776.