Day4_R语言基础—CG

R语言基础总结图

1. 安装R和RStudio

R的安装

从R project网站的CRAN中找到MacOS版本下载链接下载安装包。

R软件界面和RStudio界面如下：

RStudio安装

从RStudio官网下载MacOS版本RStudio安装包。对于MacOS，安装选择默认路径即可。

2. R语言是什么？认识RStudio

• R语言是一种编程语言，其他编程语言还有Python、C语言、C++等等。R语言汇集大量函数和软件，可以提供强大的功能，在生信数据分析中应用最为广泛，是生信工作者需要掌握的最基本的编程语言。
• R语言的界面较为简陋，图形界面RStudio提供开源集成的开发环境，使R更为好用！

3. RStudio外观设置和R语言基本操作

RStudio外观设置

Tools > Global options... > Appearance > Editor Font size > 调节大小 > Apply

R语言基本操作

1. 用Rproject管理工作目录

工作目录：R默认的读取和存储文件夹(位置)，这个文件夹包括脚本、文件、图片。Rproject使用教程链接（生信星球公众号）

练习目的：如何并行多个项目，也就是多个工作目录。

• 建立新的Rproject：RStudio主界面 > 新建Rproject > New Directory > New Project > 命名文件夹名字和确定文件夹存储位置（文件夹名=project名），每次使用该项目只需要打开对应的project即可。

使用getwd()#查看工作目录.

弹出窗口提示

命名文件夹名字和确定文件夹存储位置

2. 显示文件列表

dir()#显示默认工作目录`
list.files()

加减乘除

1+1
2-3
3*3
9/4
log10(100)
log2(4)
sqrt(81)
abs(999)
3^5

3. 赋值

键盘敲击<-或option键加减号键(MacOS)/Alt键加减号键(Win)

> x <- 345+123#赋值
> x
[1] 468
> 

4. 删除变量

> a <- 324
> b <- 456
> c <- 888
> d <- 996
> rm(a)
> a
Error: object 'a' not found
> b
[1] 456
> rm(b)
> b
Error: object 'b' not found
> c
[1] 888
> d
[1] 996
> rm(list = ls())#删除所有变量
> c
function (...)  .Primitive("c")
> d
Error: object 'd' not found
> 

5. 列出历史命令

history()相当于鼠标单击右上角的history标签。

6. 清空控制台

“command+l”快捷键

4. 尝试使用R作图

尝试做图：

• plot(rnorm(50))
  

  rnorm(50)
• plot(runif(50))
  

  runif(50)

rnorm()和runif()函数区别：rmorm生成正态分布的随机数，runif生成均匀分布的随机数_

rnorm(n, mean=x, sd=y)#生成n个平均数为x，标准差为y的随机数
runif(n, min=x, max=y)#生成n个x(最小数)到y(最大数)的服从均匀分布的随机数

• boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink")) 作箱线图，iris是R自带的示例数据框。iris$Sepal.Length表示iris数据框的Sepal.Length这一列数据。另外可设置箱体的颜色。

箱线图

内容参考微信公众号 生信星球，自己实践总结。