CITE-seq分析数据报错：Duplicate rownames not allowed
原创CITE-seq分析数据报错：Duplicate rownames not allowed
原创
JJJJack
发布于 2024-03-30 06:39:12
发布于 2024-03-30 06:39:12
今天分析CITE-seq数据的时候遇到了一个error：“Invalid class "LogMap" object: Duplicate rownames not allowed”。Google之后并没有发现很好的解决方案。
以上是我咨询ChatGPT的结果，可是我发现Expression这个object的rownames没有重复的，怎么都想不通为啥会报错提示duplicate rownames。
Invalid class "LogMap" object: Duplicate rownames not allowed然后我就检查了一下colnames有没有重复的。结果发现我的colnames居然有duplicates。这个colnames就是一个个细胞的barcode。我建库的时候用了不同的sample_Tag，然后不同的Sample_Tag之间竟然有几个overlap，即： 使用了相同的barcode。很奇怪的是不同的Sample_Tag包含的Cell_Index居然有duplicates。 以下是我个人的猜测：
Q1-难道不同的Sample Tag会使用部分重复的barcode么？
Q2-还是测序仪不同批次之间有污染？
Solution: 暴力解决的方法：
既然已经知道了哪些细胞来自哪个sample，那么我就可以manually edit these Cell_index。即我可以认为的修改这些Cell_index，可以从小到大排序。从10000开始计数。避免产生duplicated colnames.当我认为的修改完这些Cell Index之后，再run CreateSeuratObject() function之后就没有报错了。
总结：
1. 明明是colnames存在duplicate, 报错却提示duplicate rownames。为何会出现这样的报错尚待解决。
2. Different Sample_Tag (BD company) may exist same cell_index. When combine different samples to one .csv file, need to make clear whether there are duplicate value.
3. 只要是run code, 就没有轻松的时刻。。。总是会报错，勤于Google或者chatgpt，可以解决大部分的问题。同时也要善于记录，不然相同的问题再次出现，又会去花时间搜索。原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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