跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2甜甜圈图包裹饼图

用户7010445

发布于 2024-04-03 20:33:55

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发布于 2024-04-03 20:33:55

文章被收录于专栏：小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本

论文

Heritable microbiome variation is correlated with source environment in locally adapted maize varieties

https://www.nature.com/articles/s41477-024-01654-7

论文中提供了作图用到的原始数据，我们可以试着用原始数据复现论文中的图，今天的推文我们来模仿一下论文中的figure2a

image.png

我的思路是用scatterpie这个R包来做，首先画一个大的饼图，然后画一个稍微小一点的圆，再画一个稍微小一点的饼图就能够实现上图的效果，画圆用到的是ggforce这个R包里的

数据整理成如下格式

image.png

因为论文中提供的数据需要手动整理成以上的格式，为了节省时间，我这边只整理一组数据

加载需要用到的R包

library(readxl)
library(scatterpie)
library(ggforce)
library(tidyverse)

读取数据

read_excel("data/20240322/41477_2024_1654_MOESM5_ESM.xlsx",
           sheet = "Sheet1") %>% 
  mutate(x=1:4,
         y=c(0.12,0.1,0.22,0.14)) -> dat01 
  
dat01

read_excel("data/20240322/41477_2024_1654_MOESM5_ESM.xlsx",
           sheet = "Sheet2") %>% 
  mutate(x=1:4,
         y=c(0.12,0.1,0.22,0.14)) -> dat02

dat02 %>% colnames()

作图代码

ggplot()+
  geom_scatterpie(data = dat01,
                  aes(x=x,y=y,group=Taxa_Treatment,r=Nt/200),
                  cols = c("G_best(%)","EC_best(%)","G+EC_best(%)"))+
  scale_fill_manual(values = c("#deebf7","#9ecae1","#3182bd"),
                    name=NULL)+
  ggnewscale::new_scale_fill()+
  geom_circle(data = dat02,
                  aes(x0=x,y0=y,r=Nt/350),
                  fill="white")+
  geom_scatterpie(data = dat02,
                  aes(x=x,y=y,group=Taxa_Treatment,r=Nt/400),
                  cols = c("0.3>PA>0.1(%)","0.5>PA>0.3(%)",
                           "PA>0.5(%)","PA<0.1(%)"))+
  scale_fill_manual(values = c("#e5f5e0","#a1d99b","#31a354","#bebebe"),
                    name=NULL)+
  coord_equal()+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        legend.box = "horizontal",
        legend.direction = "vertical",
        legend.position = "top",
        legend.justification = "left")