血液中的癌症信号：ctDNA揭秘ESCC免疫疗效

研究背景

ESCC 占食管癌 80% 以上，临床数据显示，在进行根治性放化疗 CRT 之后，3年生存率 OS 小于 50%，虽然PD-1 抑制剂联合化疗被推荐作为晚期 ESCC 的一线治疗方法，但大约40%的患者有残留病灶。ctDNA 作为检测微小残留病 (MRD) 的生物标志物以及指导根治性手术后辅助治疗的作用已被广泛接受，且 TMB也已经被作为免疫治疗的预测生物标志物。因此，作者开展研究 EC-CRT-001 ，旨在研究 ctDNA 和 bTMB 是否可以预测接受确定性 CRT 联合特瑞普利单抗治疗的局限性 ESCC 患者的缓解和复发。

研究方法

• 病人和样本：42名患者接受了同步胸部放疗、化疗和特瑞普利单抗治疗，随后用特瑞普利单抗维持治疗。共获取了 35 份肿瘤组织样本和 118份血液样本。其中基线肿瘤组织样本 35份，基线ctDNA分析的血液样本40份，CRT 治疗过程（第三周）的血样样本 41份，CRT治疗后的血液样本 37份。其中有 36名患者哟三个时间点的血液样本，即 基线--CRT期间--CRT治疗后。

• 测序及数据处理：采用世和基因的 474 panel ，肿瘤组织样本测序深度为 1600x，ctDNA 样本测序深度 5000x，数据处理用的部分工具相对过时。正文部分的方法描述相对简单，在文章附件有具体的数据处理过程。最后做通路分析用到了 TCGA 和 ImmPort 数据库里的肿瘤信号通路：

可以看到的是里面是GATK3软件流程，说明这个数据有点年代了，目前大家学习肿瘤突变数据分析流程应该都是GATK4的！

• ctDNA 阳性：即血液样本中检测到的突变，需要满足一定条件：在组织样本中也有检测到或者在 AMP/ASCO/CAP 以及 OncoKB 数据库注释为 level I/II 的突变

研究结果

• 基线血液样本 ctDNA 结果：40个样本中检测到 168 个突变，最常见的突变基因是TP53（68%，n  = 27）、CDKN2A（20%，n  = 8）、NFE2L2（15%，n  = 6）和LRP1B（13%，n  = 5）。基线血液ctDNA 和组织样本检测到的突变，有 58% 交集，作者强调ctDNA样本中有 62 个突变是特有的，在基线样本没有检测到，因此认为基线ctDNA可以作为肿瘤组织样本的补充。

• 40个基线血液样本，仅有 29个样本检测到 ctDNA 阳性，这可能与肿瘤直径和癌症分期相关。在肿瘤直径大 于 5cm ，或者癌症分期为 IV 的时候，ctDNA 阳性率显著性较高。而ctDNA 中 VAF 值最大的突变，代表最大的突变克隆，也与肿瘤直径和分期相关。

• 在进行 CRT 治疗期间和 CRT 治疗之后，ctDNA 的突变图谱发生变化，ctDNA 阳性率变低，平均 maxVAF 也下降。

• 有部分原先基线是 ctDNA 阴性，在 CRT 治疗期间或者治疗后变成了阳性。因此，作者分了 4 种情况：模式 1（在所有三个时间点连续 ctDNA 阴性，n  = 7）；模式 2（CRT 期间 ctDNA 清除，n  = 12）、模式 3（CRT 后 ctDNA 清除，n  = 8）和模式 4（CRT 后 ctDNA 仍呈阳性，n  = 9），相应的 CR 率为 100%（ 7/7)、83% (10/12)、50% (4/8) 和 33% (3/9)（图 2E ））。与模式 4 的患者相比，ctDNA 持续阴性的患者（模式 1；p  = 0.011）和 CRT 期间 ctDNA 快速清除的患者（模式 2；p  = 0.032）的 cCR 率较高。

• 生存分析：作者比较不同时间点 ctDNA 阳性和阴性患者的生产差异。首先 基线血液样本 ctDNA 阳性或阴性患者的 PFS 或 OS 没有显著差异，但 CRT 期间，ctDNA 阳性患者的 PFS 显著缩短，OS无显著差异。CRT 治疗后，PFS 和 OS 均有显著差异。

• bTMB 指标显示，CRT 治疗期间，较高的 bTMB（>1.0 mut/mb） 的患者 OS 较长，但 PFS 无显著差异。而 CRT 治疗之后，情况则相反。不过个人认为，作者在 bTMB 分组的时候，耍了一些小聪明，就是没有显著性就调整 cutoff ，强行显著。

总结

这一篇文章，研究探讨了 ctDNA 和 bTMB 在监测 ESCC 中 CRT 联合免疫治疗的反应和生存中的作用。研究结果证明了 ctDNA 动态分析的预测价值。