生信技能树 Day4 R语言入门
原创生信技能树 Day4 R语言入门
原创
用户11064093
发布于 2024-04-12 22:57:23
发布于 2024-04-12 22:57:23
函数和R包
1. 函数与参数
形式参数与实际参数
2. 写函数的函数
理解函数的运转过程
jimmy <- function(a,b,m = 2){
(a+b)^m
}用函数/循环替代复制粘贴
#思考：plot画iris的前四列？
plot(iris[,1],col = iris[,5])
plot(iris[,2],col = iris[,5])
plot(iris[,3],col = iris[,5])
plot(iris[,4],col = iris[,5])#当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环
jimmy <- function(i){
plot(iris[,i],col=iris[,5])
}
jimmy(1)
jimmy(2)
jimmy(3)
jimmy(4)3. R包
R包在哪里及怎么安装
(1) CRAN网站
install.packages("包名称")
(2) Bioconductor网站
BiocManager::install("包名称")
(3) Github网站
devtools::install_github("用户名/包名称") 注意一定要知道用户名
不知道包怎么装就把三条命令都试一下，基本百度都能搜到
R包怎么样算安装成功
library(包名称) 加载包，是安装成功的金标准。每新打开一个session都要重新加载。
require(包名称)
怎样实现快速下载
# 清华镜像
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
# 中科大镜像
# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/代理设置
tools-global option-packages CRAN
代码设置
# options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
# options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
R包安装和使用逻辑：安装-加载-使用函数
已经安装的包，可以用::快速调用里面的函数，如果一个包要用的函数很多，还是先library比较方便
# 分情况讨论 避免重复安装。
## require(包名称)返回的是逻辑值，TRUE为已安装，FALSE为未安装
### if TRUE执行后面的语句，if FALSE不执行
# if(!require(stringr))install.packages("stringr")安装过时的包的方法：找到安装包本地安装
更新R包：取消加载 卸载 重启session 安装
常见疑问
- 一堆提示信息 检查是否有error，没有就跳过
- package not available 包名写错——检查拼写，带引号 安装命令使用错误——百度包来源，看是否过期，使用对应命令 本机R语言版本与包版本不符合（极少遇到） 包过时被剔除——百度别人的经验，找历史版本自己下载
- 是否更新，是否....a/s/n 选一个回答，一般是n
- 加载A包，报错B包不存在 依赖包的缺失或版本不够新 先安装依赖包，或更新依赖包，更新方法见上文
- 网络问题 connection url internet 404 http download
- not writable/permission denied 权限问题 管理员方式重新打开
- ？？？？中文用户名 修改环境变量
获取R包使用帮助
# 获取帮助
?sd
library(limma)
browseVignettes("limma") #不是每个包都有
ls("package:limma")# 列出一个包里有哪些函数或数据R语言里的符号
认清函数和数据
文件名称在代码里永远带引号
解决问题的思维
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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