文章:Wang, G., Wu, S., Xiong, Z., Qu, H., Fang, X., & Bao, Y. (2024). CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics. Nucleic Acids Research, 52(D1), D882-D890. https://academic.oup.com/nar/article/52/D1/D882/7288834
空间转录组数据库如雨后春笋般冒出来了,今天我们要介绍的是CROST,该网站链接:https://ngdc.cncb.ac.cn/crost/
科研人员搜集了来自NCBI、European Bioinformatics Institute (EBI) 、 China National Center for Bioinformation (CNCB)、Broad Institute Single Cell Portal、10× Genomics 、DNA Data Bank of Japan (DDBJ)的数据,采用关键词 ‘spatial transcriptomics’, ‘spatial transcriptome’, ‘spatial genome’, ‘spatial RNA-seq’ and ‘spatial sequencing.’
最后拿到了182 个空间转录组数据集,涵盖来自 8 个不同物种( (Homo sapiens, Mus musculus, Danio rerio, Gallus gallus, Canis lupus familiaris, Phalaenopsis aphrodite and Rattus norvegicus))、35 种组织和 56 种疾病的 1033 个样本。
CROST 包括四个主要模块:
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