CROST——空间转录组学的综合数据库
文章：Wang, G., Wu, S., Xiong, Z., Qu, H., Fang, X., & Bao, Y. (2024). CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics. Nucleic Acids Research, 52(D1), D882-D890. https://academic.oup.com/nar/article/52/D1/D882/7288834
空间转录组数据库如雨后春笋般冒出来了，今天我们要介绍的是CROST，该网站链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/crost/
科研人员搜集了来自NCBI、European Bioinformatics Institute (EBI) 、 China National Center for Bioinformation (CNCB)、Broad Institute Single Cell Portal、10× Genomics 、DNA Data Bank of Japan (DDBJ)的数据，采用关键词 ‘spatial transcriptomics’, ‘spatial transcriptome’, ‘spatial genome’, ‘spatial RNA-seq’ and ‘spatial sequencing.’
最后拿到了182 个空间转录组数据集，涵盖来自 8 个不同物种（ (Homo sapiens, Mus musculus, Danio rerio, Gallus gallus, Canis lupus familiaris, Phalaenopsis aphrodite and Rattus norvegicus)）、35 种组织和 56 种疾病的 1033 个样本。
CROST 包括四个主要模块：
- Browse module: basic information, sample characteristics, biological status, experimental protocols, and quality assessment
- Cancer SVG module: 48043 SVGs significantly enriched primarily in the kidney cancer (8323 genes), liver cancer (6380 genes) and melanoma (5964 genes)
- Online analysis module：ssGSEA + SpatialAP
- Explore module: visualization, communication, cell-type colocalization, and cell-type correlation
另外分享其它实用的空间转录组数据库
- STOmicsDB（Spatial Transcript Omics DataBase）， 数据库链接：https://db.cngb.org/stomics/，（17个物种的218个人工处理的数据集），2022，深圳国家基因库和深圳华大生命科学研究院，
- SpatialDB，http://spatialomics.org/SpatialDB/index.php，2019，中国科学院生物物理研究所，发表在《Nucleic acids research》，5个物种（人类、小鼠、果蝇、秀丽隐杆线虫和斑马鱼）的24个空间转录组数据集
- SPASCER， https://ccsm.uth.edu/SPASCER
- Spatial Omics DataBase (SODB) ，2023 在《Nature Methods》发表，附带Python开发的软件工具，https://pysodb.readthedocs.io/en/latest/