肿瘤的类器官培养过程通常是富集恶性上皮细胞
现阶段， 肿瘤微环境是一个研究热点，尤其是单细胞转录组技术的应用。通常我们拿到了肿瘤相关的单细胞转录组的表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是：
- immune (CD45+,PTPRC),
- epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM),
- stromal (CD10+,MME,fibro or CD31+,PECAM1,endo)
参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal 里面的 fibro 和endo进行细分，并且编造生物学故事的。
但是，针对癌症病人的新鲜的肿瘤组织的类器官培养通常是仅仅是能培养到里面的具有恶性增殖能力的上皮细胞，这个已经是肿瘤的类器官培养技术被人诟病的一个缺点啦。让我们看看2021发表在NC杂志的文章；《Single-cell analysis of patient-derived PDAC organoids reveals cell state heterogeneity and a conserved developmental hierarchy》，可以很清晰的看到这个单细胞转录组数据降维聚类分群后都是上皮细胞，而且是具有病人特异性的，如下所示：
上皮细胞，而且是具有病人特异性的
因为单细胞转录组会在每个病人产出成百上千个细胞，所以还可以看异质性，每个病人内部降维聚类分群后看特征基因，做拟时序分析看变化趋势。也可以整合这个病人队列，看共性，比如做 UMAP representation of clusters shared across patients, ：
遗憾的是这个文章的数据集放到了European Genome-Phenome Archive (EGA), 需要申请才能下载，感兴趣的可以去看看：https://ega-archive.org/studies/EGAS00001004661