scanpy的UMAP可视化高级版
在进行UMAP可视化时，经常使用scanpy.pl.umap()来进行可视化，但是有时不能画出我们想要的结果，这时应该怎么办呢？
我们通过实例数据集进行演示，代码如下：
import scanpy as sc
#读取实例数据集
data=sc.datasets.pbmc68k_reduced()
#umap可视化
sc.pl.umap(data,color='louvain')
可视化结果：
1.为每个细胞亚群指定特定颜色
代码如下：
sc.pl.umap(data,color='louvain',palette={'0':"#FF0000",'1':"#FF5C00" ,'2':"#FFB800",
'3':"#FFF500",'4':"#ADFF00",'5':"#00FF66",
'6':"#00FFC2",'7':"#00FFFF",'8':"#00C2FF",
'9':"#0047FF", '10':"#AD00FF"})
可视化结果：
2.为每个细胞亚群进行美化
代码如下：
sc.pl.umap(data,color='louvain',palette={'0':"#FF0000",'1':"#FF5C00" ,'2':"#FFB800",
'3':"#FFF500",'4':"#ADFF00",'5':"#00FF66",
'6':"#00FFC2",'7':"#00FFFF",'8':"#00C2FF",
'9':"#0047FF", '10':"#AD00FF"},legend_loc='on data',add_outline=True,legend_fontsize=12,legend_fontoutline=2)
可视化结果：
3.查看每个细胞亚群的密集程度
代码如下：
sc.tl.embedding_density(data,groupby='louvain')
sc.pl.embedding_density(data,groupby='louvain')
可视化结果：
4.指定亚群的颜色
代码如下：
sc.pl.embedding_density(data,groupby='louvain',color_map='gnuplot2')
可视化结果：
5.对亚群进行美化
代码如下：
sc.pl.embedding_density(data,groupby='louvain',color_map='gnuplot2',add_outline=True)
可视化结果：
6.查看所有类型细胞在亚群中的密集度
代码如下：
sc.tl.embedding_density(data,groupby='bulk_labels')
sc.pl.embedding_density(data,groupby='bulk_labels',color_map='winter',add_outline=True)
可视化结果：
7.查看指定某种细胞类型在亚群中的密集度
代码如下：
sc.pl.embedding_density(data,key='umap_density_bulk_labels',add_outline=True,color_map= 'winter',group=['CD14+ Monocyte','CD19+ B'])
可视化结果：
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原始发表：2024-04-10，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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