岩酱的生信学习DAY 3( Minicoda安装）
原创岩酱的生信学习DAY 3( Minicoda安装）
原创
用户11074124
发布于 2024-04-15 18:23:46
发布于 2024-04-15 18:23:46
Minicoda下载安装
Minicoda 相当于APP store，是软件下载器。
Minicoda下载步骤
1.百度/谷歌搜索“miniconda 清华” https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
2.找到Linux 64-bit最新版本，右键复制下载链接
cd ~/biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh鼠标进行复制粘贴操作
3.安装Minicoda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh按Q跳过安装步骤，跳不过就回答YES回车
4.激活Minicoda
source ~/.bashrc输入来激活Minicoda, 命令行输入conda，如果出现满屏信息说明激活成功
5.添加镜像
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yesMinicoda软件安装练习
1.查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list2 安装软件fastaqc
conda install fastqc -y-y意思是yes，当在安装过程中遇到所有情况都默认YES
3.确认是否安装成功
fastaqc --help出现大段文字说明安装成功
Conda 环境
为避免不同项目出现不同软件版本的冲突，通过设置不同的环境来进行不同的项目处理。
conda info --envs #查看当前conda环境1.创建新的环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y创建名为rna-seq的环境，指定版本为python，安装fastqc trimmomatic 软件
2.查看新创建环境，并激活
conda info --envs
conda activate rna-seq默认*会转移到rna-seq前面
3.退出当前环境
conda deactivate原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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