宏宏的学习笔记Day7 测序知识

一代测序：桑格尔-双脱氧链终止法

读长长（1000bp），准确性高，通量低

通过放射性同位素标记的ddNTP，其在DNA合成过程中不能形成磷酸二酯健，可以中断反应

二代测序：循环阵列合成测序法

读长短，时间段，通量高

不同荧光标记四种不同的dNTP，捕捉荧光信号并通过特定的计算机软件处理，获得待测DNA的序列信息。

一些名词：

测序流动槽flowcell：测序反应的载体容器，一个flowcell有8个lane

lane：测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱的位置

tile：每次荧光扫描的位置，肉眼看不到

双端测序：两边各测120-150bp

junction：双端测序中间一些没有测到的区域

flowcell构造：一个lane含有两列，每列有60个tile，每个tile会有不同的cluster，每个tile在一次循环中拍照4次

边合成边测序流程：

构建DNA文库：利用超声将DNA分子大段，用酶补齐末端，3‘端加A碱基，再在两端加上互补配对的adapter；

上样：lane上的接头应该与待测序列的接头一致；

桥式PCR：序列扩增；

测序：一次加一个应该，用完失效

数据产出

三代测序：单分子实时DNA测序

读长较长，样本制备简单，准确率较低

SMRT技术；纳米孔单分子测序技术；