Linux软件安装 01 Conda的安装与使用

首先是之前留下的一些小尾巴，一个附加题和一个练习题！

zcat Data/Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz | cut -f 3 |grep -v '#' | sort | uniq -c | sort -n

less -NS Data/example.gtf | awk '{print $10,$12,$14}' | sed 's/"//g' | tr -d ";" | head

1 介绍与安装Conda

ANACONDA

所有语言的包、依赖和环境管理器

Anaconda Navigator

为什么要使用Conda？

Conda主要是解决软件安装的问题

1.1 下载Conda

wget 相当于Linux上的迅雷

wget -c 断点续传 - - continue

1.2 安装Miniconda3

安装后需要重新加载

查看conda的帮助文档说明安装成功！

常用conda install （主命令+子命令）

1.3 配置频道

要配置好conda的频道才能用conda安装该频道的软件

1.找到需要添加的频道

2.复制链接地址

3.添加conda频道的命令：

conda config - - add channels <URL>

配置北京外国语大学的conda的channel地址（首选）

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes 

查看配置镜像结果：

cat ~/.condarc

可以手动删除defaults这个频道，因为它是官方频道，有时候链接起来很慢

sed -i '/defaults/d' ~/.condarc

1.4 创建独立小环境

频道配置好之后需要创建独立小环境，然后再安装软件！

1.4.1 为什么要创建独立的环境？

1.conda会改变原来设置好的环境

2.不同的软件的依赖会互相冲突

3.方便项目管理：基因组、转录组、Chip-seq……

不要往base环境里安装任何软件包

1.4.2 如何创建独立小环境

conda create -n rna 创建名为rna的conda小环境 -n 指定环境名称 conda activate rna

启动rna这个小环境

conda deactivate 退出rna这个conda小环境 conda env list/conda info --env

列出已经存在的小环境

1.4.3 小环境的修改与删除

1.4.4 使用conda安装软件

1.4.4.1 需要安装哪些软件？

1.4.4.2 哪些软件可以使用conda来安装？

在安装之前确保小环境被激活

conda可以一次安装多个软件，但是容易遇到报错

1.4.4.3 如何指定安装的软件的版本？

1.4.4.4 如何确定软件是否安装上?

3个done表示下载完成

通过调用软件的帮助文档来检查是否下载成功

安装的软件和调用的软件不一定一样！

1.4.4.5 查看conda环境中已经安装的软件

conda list

4.4.6 删除软件conda remove fastqc

删除特定环境下的特定软件

conda remove -n rna fastqc

添加-y参数可以跳过确认执行的步骤

了解内容：用mamba让软件安装更加顺滑

安装mamba：conda install mamba

mamba的使用：

除启动环境外，所有conda的命令都可以用mamba来代替