分享一种快速下载SRA数据集的方法
大家好！我们都知道在进行生物信息分析的时候，会用到原始数据fastq文件。但是，我们想利用别人的测序数据进行重分析时，一般不能直接从NCBI数据库中下载到fastq文件，而是要先下载SRA数据。那么，如何能高效下载SRA数据呢，目前主要的方式包括5种：通过NCBI官方提供的SRA Toolkit工具进行下载；通过链接直接下载或Linux中的wget下载；利用aspera 高速下载；利用grabseqs 工具下载；运用python爬虫等工具进行辅助下载。这几种方式已有很多小伙伴发了帖子，想要使用哪种方式直接问度娘就好！
SRA（Sequence Read Archive）数据库是NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）旗下的一个专门用于存储高通量测序数据的子库。它收集了来自全球的原始测序数据，这些数据可以免费下载，对于生命科学研究人员来说，SRA数据库是一个宝贵的资源。
数据类型
SRA数据库存储的数据类型包括：
- 原始测序数据（raw sequencing data）,fastq文件
- 序列比对信息（alignment information），bam文件
数据上传
许多杂志在论文发表时要求作者将高通量测序数据在SRA公开发布。上传到SRA的数据需要经过一定的准备和上传流程，包括：
- 安装FTP软件（如FileZilla）以便上传数据。
- 准备数据文件，常见的文件类型有fasta、fastq、bam等。
- 通过SRA数据库的上传页面（Submission Portal）进行数据上传。
数据下载
研究人员可以通过多种方式下载SRA数据库中的序列数据，包括：
- 网页下载
- 使用浏览器插件（如Aspera connect）
- 使用SRA工具包下载
数据结构
SRA数据库的数据结构基于以下四个概念构建：
- STUDY：研究课题/项目，前缀如SRP、DRP、ERP。
- SAMPLE：样本信息，前缀如SRS、DRS、ERS。
- EXPERIMENT：实验信息，一次实验可以包含多个样本和RUN，前缀如SRX、DRX、ERX。
- RUN：对应于特定的测序运行，前缀如SRR、DRR、ERR。
数据挖掘
SRA数据库的数据可以用于多种研究目的，包括但不限于：
- 挖掘已发表文章的原始数据。
- 研究非编码基因和DNA调控元件。
- 研究反式剪切和环状RNA。
- 从头分析原始测序数据，探寻新的基因。
SRA数据库为科研人员提供了一个强大的数据资源，有助于推动生命科学领域的研究进展。
今天，我们想给大家分享的是另一个自认为比较便捷，适用且快速的SRA 数据集下载方法，关键还是免费使用的（其实，就是通过链接直接使用idm软件下载的一种方式）！喜欢的家人们记得收藏哈！因为操作简单，所以我们直接步入正题：
Step 1：打开NCBI，在SRA下输入要下载的数据集PRJNA778726（示例数据集）
Step 2: 点击“Send to”，选择File → RunInfo → Create File
Step 3：数据下载到本地后，我们用Excle打开
你会发现这个表中包含了很多的内容，我们一般关注以下几列：Run，Download_path，ExperimerLibraryName，LibraryStrategy，LibraryLayout，Platform，ScientificName，SampleName和Sex等。需要定位到里面的下载链接哈
Step 4: 根据上述信息选择适合自己研究课题的样本数据，将下载路径分别复制到IDM软件中，进行断点下载。
Step 5: 查看下载结果和所用时长，支持断点下载，速度超快！
好啦！今天的分享就到这里了，内容很简单，希望我小小的分享能给您的科研道路带去一点余光！
文末推荐大家学习一下SRA（Sequence Read Archive）数据库提供了一系列的API（应用程序编程接口），允许研究人员和开发者以编程的方式访问和操作SRA中的数据。以下是一些常用的SRA数据库API：
- E-utilities API：NCBI提供了E-utilities API，它允许用户从NCBI的各种数据库中检索数据，包括SRA。用户可以通过编写脚本来检索特定的SRA数据集，例如通过Run Accession Numbers搜索。
- SRA Toolkit：SRA Toolkit是一套用于下载、处理和验证存储在NCBI中的下一代测序数据的工具。它包括多个命令行工具，如
prefetch和fastq-dump，这些工具可以用于自动化下载和转换SRA数据。 - Aspera Connect：Aspera Connect是一个高速数据传输客户端，它与SRA Toolkit集成，可以用于快速下载SRA数据。
- SRA Explorer：SRA Explorer是一个网页端应用，旨在使SRA数据更易于检索和下载。它支持用户通过图形界面搜索和选择数据集，并且可以生成用于下载的命令行脚本。
- SRA API：SRA数据库可能还提供了直接的API接口，允许用户通过编程方式提交和检索数据。具体的API文档和使用方法可以在NCBI的官方网站上找到。
- 编程语言库：一些编程语言可能有专门的库或模块，用于简化与SRA数据库的交互，如Python的
Biopython库。 - 云服务集成：SRA数据也可以通过多个云服务提供商获取，这为大规模数据分析提供了便利。
- SRA数据提交API：对于希望向SRA提交数据的研究者，NCBI提供了关于SRA提交的详细信息和指南。
使用这些API时，用户需要遵守NCBI的使用条款和数据使用政策。具体的API使用方法和参数可能会随时间更新，因此建议直接查阅NCBI提供的官方文档或资源链接以获取最新信息。