day6 --- 吴吞吞
原创day6 --- 吴吞吞
原创
linux 环境下软件安装
conda
linux 的应用商店，相当于Linux的App store。
下载conda (基本的生信分析Miniconda即可)
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh安装minicondabash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh sh是脚本，类似软件安装包，需要运行bash 开始安装。安装过程会出现很多版权信息，可按q跳过，有提示需要按enter的地方要按enter，遇到问题回答yes。最后出现“Thank you for installing Miniconda3 ！”说明安装成功。
安装成功后激活
source ~/.bashrc
conda
配置conda镜像 （和R一样，conda也在国外，所以需要配置镜像，从镜像网站下载，加快下载速度。
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes `. #使用北外的镜像
使用conda
conda list #查看服务器上安装的所有软件
conda install fastqc=0.11.7 -y #默认安装最新版本，防止新版本有bug，指定特定版本，此处=0.11.7即为指定的版本号， -y 表示安装过程中的问题都回答yes。
fastqc --help #查看fastqc的帮助文档，因为只有安装成功的软件才可以看到帮助文档，所以可以确认是否安装成功。
写在最后：经过多次debug，终于安装成功fastqc，完成今日任务。过程中最重要的问题是忘记这是在服务器操作，第一次下载迷你miniconda就下载了Mac版，安装过程系统询问说环境不是macOS，是否要安装Mac版，没意识到出问题了，后面就华丽丽失败了，最后说已经有一个miniconda，要改地方。后面终于醒悟，因为我在服务器操作，所以我需要安装的是Linux版本，之后终于安装成功。然后利用conda安装fastqc又失败了，问了花花老师才意识到又忘记了我是在国内的服务器上操作，需要配置镜像，之后配置好镜像，就可以成功安装fastqc了。划重点：生信的Linux操作是在服务器上，是Linux环境。
选修 conda 环境（像在conda里建不同的文件夹，管理不同的课题，但会更高级，可以不同的环境里安装不同的软件）
conda info --envs #查看当前环境,输出结果中前面带*的是激活的conda 环境。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #新建conda环境 rna-seq
conda activate rna-seq #激活新的conda环境， 激活后用户名前面会变成激活的conda环境，而不是最早的base。
conda deactivate # 退出当前环境
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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