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Day3-橙子

原创
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用户11110663
发布2024-05-16 09:07:09
1140
发布2024-05-16 09:07:09

今日内容:linux环境下的软件安装

今日内容均总结自花花老师、豆豆老师生信星球学习小组

了解conda

linux的应用商店

下载conda

日常使用miniconda就够了

where:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

下载到服务器上

代码语言:linux
复制
cd biosoft #进入软件目录
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下载脚本

Windows:选中,鼠标左键点一下是复制,右键点一下是粘贴

安装conda

先安装后激活

安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

相当于windows安装包双击

按q跳过版权信息;问题yes

安装成功的标志:“Thank you for installing Miniconda3 !”

激活

source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格

conda #出现满屏的信息说明成功了

报错

可能原因:空格按太快了,跳过了一些信息

解决方法:删除文件夹miniconda,从安装miniconda开始重来一次

配置conda镜像

使用北外的镜像

代码语言:linux
复制
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用miniconda

查看软件

conda list 查看当前服务器上安装的所有软件

安装软件

代码语言:linux
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conda install fastqc -y   #-y是yes,安装过程中conda问的问题全部回答yes
conda install fastqc=0.11.7 -y  #默认安装最新版本,但是有的软件新版本有bug,可能需要用到老版本,要指定版本号

确认fastqc软件是否安装成功

代码语言:linux
复制
fastqc --help #出现一大片文字:帮助文档,说明安装成功
查看软件
查看软件
帮助文档
帮助文档

小环境

代码语言:linux
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conda info --envs #(前面带*的就是当前激活的)  ##查看当前conda有哪些环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ##先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic
conda info --envs  ##再次查看conda环境 #默认还是base
conda activate rna-seq ##激活新的conda环境
conda deactivate ##退出当前环境
查看当前环境
查看当前环境
激活新的rna-seq环境
激活新的rna-seq环境
退出当前rna-seq环境
退出当前rna-seq环境

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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