通过笔记的整理,可以说是一次彻底的复习~
输出倒逼输入,通过笔记整理输入,让知识更加有迹可循~
查看文本文件的内容,输出到屏幕,有写入的功能并且可以写完后查看
cat readme.txt
cat -n readme.txt #打印出所有行号
## 写入文件
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C ## 这里是按Crtl C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !
注意,写入文本内容想要结束书写时,需要ctrl+c 才能退出
默认值是10行
head -n 2 Data/example.fq #查看该文件前两行的名字
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail ~/.bashrc
## 查看第20行
head -n 20 Data/example.fq | tail -1
前面的输出作为后面的输入,按照从前往后的运算方式
可以查看,记得使用q键退出
统计文本,统计行数,一般与cat一起合用。-l 为统计行数。
cat readme.txt | wc
wc -l readme.txt
自己通过重新定位工作目录,然后找出文件,统计了这两个文件的行数,撒花~
-d 制定分隔符,默认是tab空格,用 \t 表示,但不只可以指定标点符号位分隔符,也可指定字母或者数字等字符为分隔符;
-f (字段fields)输出哪几列;
通常搭配文本编辑命令 less使用,只有输入文本,才能处理。
less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1
注意,less -S的单行显示,实际运行后呈现按列对齐的模样,符合日常工作,所以一般都会在文本编辑的时候加上 -S。
less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S
去除重复行
千万注意!!! uniq比较懒,只能去除相邻的重复行,因此,一定要跟sortsort(排序功能)一起使用!
文本合并,把两个文件的内容写到一起
字符转换功能
cat readme.txt | tr '\n' '\t' #不懂什么意思??
复习和学习一样画时间,但把老师讲的知识内化为自己的才是真的知识~
引用生信技能树-卖萌哥老师的PPTPPT,感恩~~~
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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