2024年04月_生信入门班_微信群答疑笔记
下面是优秀实习生的整理和分享
【课前准备】想问一下这两个，装哪个都可以吗？
推荐下面的。
【R】请问这样正常吗
正常。
【网络】为啥用无线网就装不起来，换成热点就可以
你的无线网络访问清华镜像存在问题。
【R包安装】运行上述代码这个报错了如何解决
请查看群公告答疑文档，缺啥就安装啥。
【软件安装】从百度云盘里下载安装上课需要的软件后，应用商城提示这些软件有新版本可以升级，是否需要升级呢？
不需要。
【软件安装】您要我们把R 和 RStudio安装在C盘里，但我去年就已经安装在D盘里了，这影响大吗？需不需要把D盘里的卸载，重新安装在C盘？
最好重新安装。
【软件安装】请问R的版本下载哪个为好？网盘里的是4.3.1，现在最新版有4.3.3了
带4的就可以，4.3就绰绰有余了。
【软件安装】IGV安装后为啥在应用程序里找不到呢？是没有安装成功吗
安装成功了，是正常的。
【软件安装】MAC是不是不用安装Iterm2，而是换成安装Termius了？
termius可以的
【R包安装】刚把R包粘贴过来，就提示BiocManager 安装包没有安装，需要安装吗
忽略提示。先从第一行开始，一行行run，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
【课前准备】这个第一行，是具体哪一行啊
看图片中的红框。
【R包安装】这是手残点了好多次run的结尾，这是正常的吗？
没有关键词error就可以不用管。
【R包安装】这算是运行完了吗
成功了，很棒。
【课前准备】我能重新按照从第一行的顺序来一遍吗？经您指导我才知道什么叫一行一行地run
重新 run 提示关键词有 re-install ，指的是你已经成功安装 xx包，如果你是想要重新安装这个包，就需要加上 force = true 参数。不过一般我们不用重新安装的。
【软件安装】r studio不需要更新对吧？他弹出来更新版本直接ignore就可以了不？
可以。
【电脑硬件】电脑硬盘空间不足，可以后面加装一个便携式硬盘解决这个问题吗
R和Rstudio记得要装在C盘，数据放在便携盘可以的。
【R包安装】R包的保存路径可以改吗？
可以。
【软件安装】请问R和RStudio以前装过老版本想更新只能删了重装吗
卸载重装或者直接重装。
【R包安装】这样的报错怎么办
warning 的 信息可以不管。error提示的R包，需要重新安装一下。
【R包安装】我点第一个，下面没反应呀
没有提示信息就是没有问题的。有提示信息的，提示信息没有关键词error，就是成功啦
【镜像设置】这些话是什么作用
这些是代码，进行一些初始设置，比如前2行是设置镜像，因为默认是从R语言官网下载安装R包，可能会存在网络卡顿的问题。因此设置国内的清华镜像或者腾讯镜像，下载快一点。后面上课也会进一步介绍。
【Rstudio】麻烦问下这里面的语言怎么改成中文呢？
一般是设置成英文比较好，中文报错难搜索。你需要设置一下自己的系统语言为中文，然后重新安装R语言软件，安装时有一个messages translation，不勾选就是装英文的，勾选（默认）就是装中文的。
【R包安装】这样是不是都没装成功？
是的，可能是网络问题，导致你缺了某个依赖，单独安装你缺失的即可。比如这个报错，提示缺 GenomeInfoDbData ，那就单独安装一下这个包，方法是BiocManager::install('GenomeInfoDbData')
【R】我刚打开我的R语言，想试一下RMARKDOWN，结果出来这个了，这是啥意思啊
可以先忽略这个提示，后面会讲到。
【R】请问这个文件是保存比较好吗？
通常不保存，不过具体还是要看自己的需求。
【Rmarkdown】这里Rmarkdown为何不显示预览嘞？
因为你的弹窗口了。
【Rmarkdown】rmarkdown输出pdf时候，报错没有安装latex
输出html即可。
【R】为什么read.csv在R script中能正常运行，但rmd中报错呢？
工作目录不对。Rscript 和Rmd 运行 read.csv 的时候，需要保持工作目录一致。
【R包安装】能查到2个相同的R包是重复安装了吗？可以删除一个吗
忽略就行。
【R报错】老师这个error是啥原因呀？包安装了后一直library不了
dll 报错，有可能是你开了杀毒软件，先关了杀毒软件，然后重启RStudio，再安装R包。
【R包安装】能指导一下为什么qlcMatrix安装失败么
报错提示缺依赖包。
【实战】我这用的是鼠的物种，该怎么修改内容啊
加载一下老鼠的注释包，然后改一下括号里面的orgdb。看看你是小鼠还是大鼠🐭，然后检索一下对应的包
【实战】想问下如果log之后还有负值以及nan值怎么办呀？哦不，是有负值和nan值 log不了
都加 1，或者你上ppt里找负值那一页看看。
【Rstudio】请问r studio经常崩溃怎么办，一做差异表达分析就崩
重启电脑，把杀毒软件关掉
【实战】请教一下KEGG这个没有基因map到是因为有啥问题吗？GO可以
KEGG的物种不对。
【服务器相关】如果课题组有自己的系统可以登录Linux服务器，还需要下载termius吗？
只要能登录服务器就行。
【软件安装】Termius用starter模式上课就够用吧？pro试用期过期了
对的，基础功能就足够了~
【R报错】点上面的，下面不运行展示结果，是怎么了？
如果你的代码提示框一直有个加号，说明你前面的代码没有运行完，一个代码，如果你不配对的括号或者配对的引号，它会无限制扩充到地球爆炸。因为他一直不配对，所以他认为你的代码一直没有输完，他也不会运行。exit之后把前面的全选运行一下就可以了。
【R报错】这是我电脑算力不够导致的吗
可能是内存不足。
【Linux操作】我的这个为什么不可以单行显示
这个就是单行了哦，主要是你没有加上-N所以没有显示行号，如果有重复的行号 就说明有的行 一行没有显示完。
【Linux操作】为什么用less查看文件之后滚动不了呢，只能用q退出，但是退出又看不到了
就是它就只有这么多内容，一页就显示完了，不需要任何翻动。你可以试试 less -S 单行显示，然后就可以左右翻页
【软件安装】老师我感觉我是不是没装好bget啊
你的bget在你的当前目录，不在$PATH记录的位置里，调用的话就得通过路径调用哦。所以你其实在bget前面加上路径就可以了， 比如 ./bget xxxxx 就可以了 你试试看哦
【Linux操作】ls Data/example.fa这句我用Tab补齐完之后，它自动帮我空了一格，但我继续按Tab键，就发现弹出了下面3行代码，想知道这3行代码代表了什么东西呀？
本身代码就是完整的，但是你多按了一下tab，系统认为你是要继续输入某些文件，所以给你匹配当前目录下的文件提示。
【Linux操作】这3行代码有几个文件，比如：.bash history .cache/ .profile .lesshst，这些我在tree里找不到，那这几个文件不是来自当前目录中吧？是来自哪呢
这是你家目录下的隐藏文件，隐藏文件需要用 ls -a 才会显示。类似的还有 .bashrc ，这在上课有讲。
【Linux操作】为什么我这里用tr会报错呀，我代码就是按“命令 参数 文件”顺序来的呀，为什么会报错呢
tr这个命令接受的输入是标准输入，比较特殊，要用 tr 'a' 'A' < readme.txt
【Linux环境】请问Linux中在不同激活环境下，对文件进行操作，会有什么影响吗？——比如我在base激活下，在家目录下创建bin文件夹并添加到PATH，和在rna激活下进行相同操作，有什么不同吗？
而且我在某个环境（比如rna）下，也可以用vim编辑该环境以外的文件，貌似也没有报错，我可以理解为：conda环境和文件编辑无关？所以有点疑惑“环境”到底是个什么概念呢？用ls -A miniconda3的时候也没有看到与环境相同名称的文件，难道他就是一个安装+归纳软件的虚拟空间？
conda的虚拟环境，就是一个安装+归纳软件的虚拟空间，这样理解就对了。
【R包安装】我把R安装在了E盘，但是我的二进制包都在C盘，然后我卸载重新安装R在C盘的默认位置，用 .libPaths()命令来查看R包的安装位置，如下，显示有两个位置，【1】还是我以前的R的二进制包存放的路径，【2】是新下载的R在的位置，那么这样我再重新安装R包的时候，R的二进制的包会存到【1】还是【2】里，怎样可以删除原先这个【1】的路径呢？
你在其他盘新建一个文件夹，如E:/Rlibrary，路径不要有中文，然后设置.libPaths(c("E:/Rlibrary","原来的的[2]"))，然后把 [1] 里面的R包都拷贝到 E:/Rlibrary。