Day 3

1. 了解conda

conda--“linux的应用商店”。最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可🤒2. 下载安装conda的脚本

命令：cd biosoft，进入biosoft目录

命令：wget 接刚才复制的下载链接，下载网页上的Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh脚本文件

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

conda安装脚本下载

3. 安装conda

下面是每个步骤的讲解：

sh是脚本，相当于你在windows装软件时的安装包，需要双击这个安装包才能安装文件。linux命令行没法双击呀，是运行这句代码：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

然后就开始了安装过程，中间会出现很多的版权信息，按q跳过它们,按q不动的地方按回车，看到问问题，就回答一个yes，按回车，注意别按太快，没回答yes就会失败。

看到“Thank you for installing Miniconda3 ！”说明安装成功

最后还得激活一下才能用:

source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格

conda #出现满屏的信息说明成功了

conda安装

4. 配置conda镜像

安装软件需要配置镜像： 所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。 把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（注意理解代码的意思） 使用北外的镜像 conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

配置conda镜像

5. 使用conda

5.1 conda list

5.2 安装软件

conda install fastqc -y -y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes 默认安装最新版本，但是有的软件新版本有bug，可能需要用到老版本，要指定版本号 conda install fastqc=0.11.7 -y

5.3 3.确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。

fastqc安装成功

6. 创建conda环境

“conda 环境: 实战中，可能需要在同一台服务器上面分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。 每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？ 办法是分身！！按照项目定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

6.1 查看当前conda有哪些环境

conda info --envs #(前面带*的就是当前激活的)

6.1.1 创建新的conda环境

目前就一个conda环境，要创建新的conda环境

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。) 命令：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

新的conda环境创建

创建完之后，查看conda环境，是不是多了一个rna-seq。

命令：conda info --envs

6.1.2 激活新的conda环境

因为发现默认还是base,所以需要激活新的conda环境

命令：conda activate rna-seq

激活新的conda环境

这时默认的*就会转移到rna-seq前面；另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，虽然，并不需要仔细看，就是给你提供下安全感而已。

6.1.3 退出当前环境

退出当前环境

命令：conda deactivate

退出和激活环境