Day3_linux的软件安装

1.下载conda

首先在浏览器中输入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/，找到最新版本64位，右键复制链接，然后登录服务器，然后创建一个目录，在目录下在wget后将链接复制，点击Enter,下载过后，在bash后加上安装包名称，进行安装，按q跳过它们,按q不动的地方按回车，看到问问题，就回答一个yes，按回车，注意回答yes，不然就会失败。

看到“Thank you for installing Miniconda3 ！”说明安装成功。

最后还得激活一下才能用:

source ~/.bashrc #激活conda的代码,注意空格

conda #出现满屏的信息说明成功了

2.配置conda镜像

安装软件需要配置镜像：

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（注意理解代码的意思）

使用北外的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

3.使用conda

1. 查看当前服务器上安装的所有软件 conda list
2. 安装软件 conda install fastqc -y #-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes 默认安装最新版本，但是有的软件新版本有bug，可能需要用到老版本，要指定版本号 conda install fastqc=0.11.7 -y 3.确认fastqc软件是否安装成功 输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。

4. 创建conda环境

首先理解一个叫做“conda 环境”的东西。

实战中，可能需要在同一台服务器上面分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。

每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？

别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

先查看当前conda有哪些环境

conda info --envs #(前面带*的就是当前激活的)

可以看到，我们目前就一个conda环境

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，看是不是多了一个rna-seq。

conda info --envs

但是发现，默认还是base

我们该激活新的conda环境了

conda activate rna-seq

这时默认的*就会转移到rna-seq前面；另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，虽然，，并不需要仔细看，就是给你提供下安全感而已。）

如果要退出当前环境，就运行

conda deactivate