ENVI采用条件变分自编码器来推断scRNA-seq数据中的空间背景,并通过将这两种模式映射到一个共同的嵌入来推算空间数据中缺失的基因。
单细胞的空间背景
ENVI maps continuous spatial gradients in spine development from single-cell and spatial data.
ENVI predicts the cortical localization of Sst interneuron subtypes
ENVI的性能主要由三个因素驱动:(1)深度贝叶斯推理,在学习基因与生态位之间的非线性关系的同时,回归出与模态相关的混杂因素;(2)利用scRNA-seq数据对整个转录组进行显式建模;(3)通过COVET直接整合空间背景。
ENVI integrates Xenium and snRNA-seq data
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。