ggmice | 小众且常用的生物学可视化神器..

• 前言
  • 一、「ggmice」-小众且常用的生物可视化神器
  • 二、可视化学习圈子是干什么的？
  • 三、系统学习可视化
  • 四、猜你喜欢

前言

我们的数据可视化课程已经上线啦！！目前课程的主要方向是 科研、统计、地理相关的学术性图形绘制方法，后续也会增加商务插图、机器学等、数据分析等方面的课程。课程免费新增，这点绝对良心！

我们第一个数据可视化交流圈子也已经上线了，主要以我的第一本书籍《科研论文配图绘制指南-基于Python》为基础进行拓展，提供「课堂式」教学视频，还有更多拓展内容，可视化技巧远超书籍本身，书籍修正和新增都会分享到圈子里面~~

参与课程或者圈子的你将获取到：学员答疑、可视化资源分享、可视化技巧补充、可视化业务代做(学员和甲方对接)、副业交流、提升认知等等。

「ggmice」-小众且常用的生物可视化神器

在准备我们的R语言数据可视化课程的拓展内容时，发现了很多有意思的可视化工具包~~

今天给大家推荐的一个可视化工具为-「ggmice」，一款专门为生物学专业(老鼠相关)的小众且常用的数据可视化工具。

• ggmice介绍

ggmice工具包可以通过可视化不完整数据和/或估算数据来增强小鼠(mice)估算工作流程。此外，ggmice函数生成的ggplot2绘图对象可被轻松操作或扩展。还可以使用ggmice检查缺失数据、开发估算模型、评估算法收敛性或比较观察数据与估算数据。

• ggmice主要可视化绘制函数

我们还是查看ggmice工具中的数据可视化绘制函数，详细介绍如下：

1. ggmice()绘制不完整数据或估算数据

ggmice(dat, aes(age, hgt)) +
  geom_point()

ggmice(imp, aes(x = .imp, y = hgt)) +
  geom_jitter(height = 0, width = 0.25) +
  geom_boxplot(width = 0.5, size = 1, alpha = 0.75, outlier.shape = NA) +
  labs(x = "Imputation number")

1. plot_pattern()函数显示不完整数据集中的缺失数据模式

plot_pattern(dat)

1. plot_corr()变量之间的相关性

# create correlation plot
plot_corr(dat)

1. plot_pred()显示小鼠预测矩阵(Predictor matrix)

# create predictor matrix
pred <- quickpred(dat)

# create predictor matrix plot
plot_pred(pred)

1. plot_trace()绘制 MICE 算法的跟踪线，用于收敛性评估

# create traceplot for one variable
plot_trace(imp, "hgt")

更多关于ggmice工具包的使用方法和可视化案例，对生物学感兴趣或者相关专业的同学可参考：ggmice官网[1]

可视化学习圈子是干什么的？

可视化学习圈子是书籍「科研论文配图绘制指南-基于Python」一书的学下圈子：主要通过以下几个方面，给大家带来比纸质书籍更丰富的学习内容：

• 视频教学，和读者零距离互动交流
• 及时修正勘误和定期新增绘制知识点
• 拓展衍生，绘图知识点远超书籍本身
• 直播视频+拓展资料+答疑，学习更高效

「PS」：我们直播教学内容为课堂式教学，原作者带着大家对书籍一章、一节、一页的进行教学。而且直播的视频都会通过剪辑后整理成课程，圈子中的同学可以免费、反复观看。当然，新增内容和定期答疑，直播也是如此。

• 为何会有这个书籍学习社群？无门槛的微信群难免会鱼龙混杂，问题和质量都无法得到保证，而且一些关键问题经常被淹没，且没有沉淀价值。
• 随着添加我微信的人日益增多，向我提问的人也越来越多，随便回答一下就太不负责任了；不回答也不是很好；如果都仔细回答，我也有自己的工作并且确实很忙，真的有点心有余而力不足！所以我才会建立这么一个渠道来沉淀我的可视化技巧和分享经验，以及给大家提供一个坚持学习的平台。

微信扫码下方二维码即可参与我们的书籍学习圈子啦：

微信扫码即可加入学习圈子

系统学习可视化

当然，在学习数据可视化的道路上，你也有很多问题得不到解答，也可以加入我们的可视化课程(可视化系列课程推文)后，在学员群里和大家一起谈论，一起进步，或者直接向我提问。如果我觉得你的问题很具有普适性，我会把它写成文章发布在公众号上，让更多人看到，有关我们数据可视化系列课程的服务内容，可以参考下面的 阅读原文。

猜你喜欢

不是?！这种图一行代码就搞定了，超简单....

这图这么多人问！？赶紧给大家复现出来~~..

ggpubr!一键绘制出版级论文配图，绘图小白福音......

tidyterra！空间数据处理、可视化神器...

Antarctic-Plots！不用ArcGIS,我照样可以画出惊艳的地图...

比Matplotlib合并子图更方便！patchworklib让我告别PS拼图...

Xarray,不用ArcGIS,所有地理空间绘图全搞定...

Nature都推荐的箱线图(Boxplot)绘制工具长啥样？免费、在线、灵活操作...？

完美解决Matplotlib绘图中、英文字体混显问题..

MATLAB绘图不好看？！不是，你是还没发现这几个工具包吧..

不是，这个地理数据工具这么强的吗？数据处理、可视化它都行..

这种环形图太难画？！带你一行代码搞定..

不是，这封面图这么多人问的吗？教程来了

不用Seaborn，这个工具也能绘制超炫的统计图形···

NetworkX，网络结构图最强绘制工具·····

[1]

ggmice官网: https://amices.org/ggmice/index.html。