课前准备-单细胞联合ATAC数据分析（SnapATAC2）

作者，Evil Genius

目前分析scATAC的几款软件包括signac（R版本）、ArchR（R版本）、epiScanpy(python版本)、 SnapATAC2（python版本），各自都发了大文章，教程在

• ArchR ：(https://www.archrproject.com/
• epiScanpy ： https://colomemaria.github.io/episcanpy_doc/references.html
• snapATAC2 ：https://kzhang.org/SnapATAC2/tutorials/pbmc.html

主流的分析：scATAC基础分析、单细胞RNA和ATAC联合分析、ATAC的区域差异分析、ATAC的多样本联合分析、多组学分析（ATAC + RNA）。

大家只要玩明白其中的一个，单细胞联合ATAC分析就不是问题。

今天我们分享的是snapATAC2,2024年1月发表于Nature Methods。

Standard pipeline

Doublet removal

Dimenstion reduction

Clustering analysis

Cell cluster annotation

Create the cell by gene activity matrix

Imputation

单细胞RNA与ATAC的联合分析

Data integration

Identify differentially accessible regions

Peak calling at the cluster-level

Finding marker regions

Regression-based differential test

Multi-sample Pipeline: analyzing snATAC-seq data of human colon samples

Batch correction

聚类

Peak calling

Multi-modality pipeline: analyzing single-cell multiome data (ATAC + Gene Expression)

Analyze chromatin accessibility data

Perform joint embedding

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