GEO数据介绍和分析流程

1.什么是GEO数据库

GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库。它收录世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度，以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE），质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。在GEO最基本的组织层面，有四种基本实体类型。前三个（样本，平台和系列）由用户提供; 第四，数据集由GEO工作人员根据用户提交的数据进行编译和策划。

文章中作者用的数据集编号，编号开头是GSE

某公司开发的一款芯片产品，在GEO中芯片开头是GPL

表达矩阵的行名是探针名，列名是样本名，所以列名编号的开头是GSM

2.GEO表达芯片的原理

用探针的表达量反应基因的表达量。

3.GEO表达芯片分析思路