普大喜奔！usearch开源+64位旧版本免费用
前段时间听说USEARCH即将开源，今天另一位小编发现GitHub上已经有开源代码了。我们随即搜索了开源版本的使用效果，发现V12版本的测试结果不尽如人意，具体详情请参阅这篇公众号文章。正当我感到失望时，浏览评论时发现了意外的惊喜——旧版本的64位虽然不会开源，介已经开放下载使用了！于是我们决定测试一下并向大家分享使用体验，一起试试吧！
一、软件下载
下载地址在这：https://github.com/rcedgar/usearch_old_binaries 这里以usearch9为例进行测试:
wget https://github.com/rcedgar/usearch_old_binaries/raw/main/bin/usearch9.2.64_i86linux64
mv usearch9.2.64_i86linux64 usearch
chmod +x usearch
./usearch --help
usearch v9.2.64_i86linux64, 15.7Gb RAM, 16 cores
(C) Copyright 2013-16 Robert C. Edgar, all rights reserved.
http://drive5.com/usearch
From 2024 donated to public domain under CC0-1.0 license
# 加入环境变量，方便使用
vi ~/.bashrc
PATH=$PATH:/home/xx/usearch
source ~/.bashrc可以看到，在WSL2下，所有RAM可以全部识别的。对比下之前官网的32位版本：
$ ./usearch11.0.667_i86linux32
usearch v11.0.667_i86linux32, 4.0Gb RAM (15.7Gb total), 16 cores
(C) Copyright 2013-18 Robert C. Edgar, all rights reserved.
https://drive5.com/usearch
二、测试
下载数据和usearch计算多样性指数
小编使用了这个文章的OTU表格数据进行测试，文章是这篇：
# 表格下载地址
https://zenodo.org/records/8031031# 计算下alpha多样性
usearch -alpha_div otu_tablenorm.txt -output alpha.txt
usearch v9.2.64_i86linux64, 15.7Gb RAM, 16 cores
(C) Copyright 2013-16 Robert C. Edgar, all rights reserved.
http://drive5.com/usearch
From 2024 donated to public domain under CC0-1.0 license
00:00 8.8Mb 100.0% Reading ./AllSamples_unoise_otu_table1_Exp2.txt
QIIME2(q2-galaxy)计算多样性指数
由于WSL没装qiime2，于是使用了网页版的qiime2进行的分析测试。
# 转换成biom方便导入qiime2
biom convert -i otu_table_norm.txt -o otu_norm.biom --table-type="OTU table" --to-json
这里用的是qiime2官方的网站，https://cancer.usegalaxy.org/
然后，把分析结果下载另存为.zip文件，解压就获得了结果啦！
可以看到，两者的计算结果是类似的，可能由于不同的软件的处理有所区别，值有一定的差异，但趋势是一致的。虽然QIIME2已经非常优秀，但我们仍然可以有多个选择。USEARCH在业界的口碑也是尽人皆知的！
在AI时代的今天，生物信息的发展必将是一日千里，大佬无私地贡献出了自己的饭票和劳动成果，值得点赞，有如此绘图的免费工具加持，祝大家早日发表优秀的科研成果！也期待AI时代给我们每个人带来更多的福利，惠及大众。
附上CC0-1.0许可证的简介：
CC0-1.0许可证（Creative Commons Zero 1.0 Universal Public Domain Dedication）是一种将作品完全投入公共领域的工具，作者通过这个许可证明确放弃了作品的所有版权及相关权利。以下是对CC0-1.0许可证的详细解释：
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- 全球适用：CC0-1.0许可证是全球通用的，不受国家或地区版权法律的限制。这确保了作品在世界范围内都可以自由使用。
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简而言之，CC0-1.0许可证是一种明确、简单的方式，使作品可以在全球范围内被自由使用，而无需任何限制或附加条件。对科研工作者和学生来说，这意味着可以自由使用这些作品进行研究、教学和创新，无需担心版权问题。