早发性和晚发性结直肠癌分子特征对比

研究背景：

早发性结直肠癌（Early-Onset Colorectal Cancer, EOCRC）通常指50岁以下个体发生的结直肠癌，其发病率近年来逐渐上升，需要全面检查其发病机制和特定于 EOCRC 患者的治疗靶点。研究团队希望通过与晚发性结直肠癌（Late-Onset Colorectal Cancer, LOCRC）的对比，描绘 EOCRC 的独特分子特征。

研究方法：

• 病人和样本：研究纳入了2003年至2022年间诊断的11344例结直肠癌患者，包括578例EOCRC和10766例LOCRC。包含肿瘤样本 FFPE 和全血对照样本。
• 测序：实际上测序只有 EOCRC 180例 和 LOCRC 80 例，并不是所有的 11344例患者。采用 GeneseeqPrime pan-cancer gene panel 有一点矛盾的是，图中说了 2365 gene panel，但是注释里又强调只包含 437 genes。

• 数据分析：QC用的是 Trimmomatic 和 BQSR 的 GATK 3.4.0 版本都比较旧，应该是公司做的数据处理。因为一些公司流程搭建好了之后就很少更新。后续分析是在 SPSS 26.0 和 R 4.0.4 中进行的。

研究结果：

• 早发和晚发 CRC 基因组突变图谱对比：两个队列，进行突变图谱对比，top突变基因有很多交集：TP53、APC、KRAS 等明星突变基因。

• EOCRC/LOCRC 两个队列基因突变频率存在差异并不明显：

• 为了看起来有显著性，研究者在 EOCRC队列进行组内 MSI-H （15例）和MSS 亚型（165例）对比，发现 MSI-H 亚型 以下图示基因的突变频率更高。但实际上，两个亚型样本数相差悬殊，并没有比较意义，研究团队这是强行拉显著。强扭的瓜不甜啊。

• MSI-H 的 EOCRC （15例）和 MSI-H 的 LOCRC （10例）比较发现：EOCRC MSI-H 的 突变基因中，FGFBR2 (47%), PBRM1 (47%), RNF43 (53%), LRP1B(47%), FBXW7 (60%), ATM (60%), and ARID1A (60%), 具有显著性，因为另一组这些基因都没有发生突变。实际上也是样本数不够，不足以说明问题，结果并不具有参考性。

• TMB 比较：在MSI-H型EOCRC（15例）和LOCRC（10例）患者中，TMB 显著较高。EOCRC MSI-H（15例）和MSS型（165例）患者TMB 均显著高于LOCRC MSI-H（10例）和MSS型（80例）患者。

• 生存分析：前面的结果主要是测序的样本分析结果。实际上作者还对部分样本做了 MSI 检测，结果可以分为 3组。在EOCRC队列中生存分析没有的显著差异，但有一定的数据趋势表明，MSS型相比MSI-H型显示出相对较差的预后。在 LOCRC队列中，MSI-H 预后最好。

研究结论：

该研究表明 早发性和 晚发性 结直肠癌存在一定分子差异，基因突变频率、TMB 和 MSI 等。这些发现为个性化治疗策略提供了潜在靶点。不过研究团队也意识到样本数问题带来的局限性，很大程度上限制了研究结果的说服力。

文章评价：

文章方法部分提到了用 CNVkit 做 CNV 分析以及FACTERA 做 Fusion，但是正文中没有体现分析结果。实际上 Panel 数据分析 CNV 非常有限，除非有专门设计探针，更不用说分析 fusion了。既然不能分析，也没有结果，那为什么方法会出现相关的描述，这是一个值得思考的问题。