conda安装软件的另一种方式及报错解决-3

生信技能树学习笔记

复制环境

*conda中环境是可以分享的，比如师兄师姐之前分析时用到的软件可以作为文件导出，并分享给新的用户。

具体方法如下：

• 导出当前环境：

• conda env export envname > env.yml

• 导入环境:

• conda env create -n envname --file env.yml

这个课程中用到的环境文件在这个网盘里：

链接：https://pan.baidu.com/s/1p7ui2Oxf6goshGUzL2gcQg?pwd=1234

提取码：1234

--来自百度网盘超级会员V6的分享

1.首先将文件上传到base环境下

2.打开这个文件

3.安装

软件安装过程中报错的解决

• 常见报错及解决方法：一直在 Solving environment？

1. 网络较差，换个时间试试

2. conda clean -a 清空环境中的缓存

• 常见报错及解决方法：频道404？

添加的频道不存在，从.condarc文件中删除错误频道后重新添加

conda config --add channels https://xxxxx

依赖库文件缺失。

解决办法：缺啥补啥

如果提示缺失libtbb.so.2 conda install tbb=2020.3

libstdc++.so.6 conda install libstdcxx-ng=9.1.0

另一个解决方案

libstdc++.so.6 conda install libgcc

cp ~/miniconda3/lib/libstdc++.so.6 ~/miniconda3/envs/rna/lib/

解决方案3

libstdc++.so.6 conda update –all

解决方案4

libstdc++.so.6 export LD_LIBRARY_PATH

samtools 调⽤报错

如下图，使⽤ conda 在⼩环境中安装 samtools 后，调⽤帮助⽂档报错：

解决⽅法：

# 去到 miniconda ⽂件夹中⼩环境的对应的 lib ⽬录下

$ cd ~/miniconda3/envs/rna/lib

$ ls libtinfow.so*

libtinfow.so libtinfow.so.6 libtinfow.so.6.2

# 可以看到samtools 依赖的 libtinfow.so.5 不存在，但是有 libtinfow.so.6，可以⽤软链接

$ ln -s libtinfow.so.6 libtinfow.so.5

$ cp libtinfow.so.6 libtinfow.so.5

salmon 调⽤报错

如下图，使⽤ conda 在⼩环境中安装 salmon 后，调⽤帮助⽂档报错：

解决⽅法：salmon 默认安装的版本太旧了，更新⼀下即可：

conda update salmon

fastp

使⽤ conda 在⼩环境中安装 fastp 后，调⽤帮助⽂档报错

fastp: ~/miniconda3/envs/rna/bin/../lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.22' not

found (required by fastp)：

解决⽅法：

参考：https://blog.csdn.net/u010987458/article/details/71702938/

用命令

conda install libgcc

cp ~/miniconda3/lib/libstdc++.so.6 ~/miniconda3/envs/rna/lib/