生信分析中linux的使用6-sed

生信技能树学习笔记

sed：流编辑器，一般用来对文本进行增删改查

用法：sed [-options] 'script' file(s)

常见参数：

-n ：禁止显示所有输入内容，只显示经过sed处理的行(常用)

-e ：直接在命令模式上进行 sed 的动作编辑，接要执行的一个或

者多个命令

-f ：执行含有 sed 动作的文件

-r ：sed 的动作支持的扩展正则(默认基础正则)

-i ：直接修改读取的文件内容，不输出。

常见 'script' address ：

2 ∶第 2 行

2,4 ∶第 2 行到第 4 行

2, ∶第 2 行到最后一行， 表示最后

2~3 ∶从第 2 行开始，每隔 3 行取一行2、5、8

2,+4 ∶从第 2 行到 2+4 行

/pattern/ ：匹配上 pattern 的行

[!] ：表示否定，取反：'2 !' 表示除了第二行

常见 'script' command ：增删改查

a∶append，在指定行的后增加一行，内容为 a 的后面接的字串

i∶insert，在指定行的前增加一行，内容为 i 的后面接的字串

d∶delete，删除某一行或者某几行，也可以指定删除匹配上的行

c∶change，改变指定行的内容

s∶更改或替换字符串，使用格式为 's/pattern/new/[flags]'，

把pattern替换成new，默认只替换一个，可以指定flags

y∶转换，实现字符一对一转换，格式 ‘y/abc/ABC/'

p∶print，把匹配或修改过的行打印出来，通常与–n参数合用

示例

常见应用场景：去掉tittle

多个参数-e

#只替换第一次出现的

#全部替换

#替换第二次出现的

#指定替换第一行EE

#每隔三行处理一次

#匹配具体行

#-p的意思是打印

#打印的同时替换

#转换

#大小写之间的转换要用tr