Linux中的Conda

选择Miniconda安装镜像

1. 浏览器搜索：学校+conda 比如 清华 conda 即是选择使用清华镜像安装miniconda
2. 获取Miniconda下载链接 选择“ Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”
3. conda安装版本与Linux架构保持一致

Linux下安装Miniconda

1. 进入家目录

cd ~

2. wget -c 下载miniconda

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86\_64.sh

3. bash 命令安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86\_64.sh

4. .bashrc文件会发生修改，需要重新激活

source ~/.bashrc

. ~/.bashrc

5. 成功运行帮助文档，则表明安装完成

conda --help

配置miniconda中的下载路径

用于miniconda 下载软件使用，通常需要bioconda，conda-forge，main三个链接

1. 配置镜像

1. 先添加main，其次conda-forge，最后bioconda，它们是有顺序的
2. pkgs/main，cloud/conda-forge，cloud/bioconda
3. default是官方频道，删除它可使下载速度加快
4. 配置完成后会生成一个.condarc的文件

conda -config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda -config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda -config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

sed -i '/defaults/d' ~/.condarc

2. 更改镜像

当下载缓慢问题时，可能需要更改conda中的下载路径 ping www.baidu.com

1. 删除原镜像配置文件 rm ~/.condarc
2. 使用conda config --add channels URL 添加镜像链接
3. 每次更换完频道之后记得要清除一下index，conda clean -i -i 是指清除掉构建好的index，清除掉之后才会从新的频道下载软件包

创建小环境

创建不同的环境用于不同项目的管理，并且可以保护base环境

1. 创建RNA环境

conda create -n rna

conda activate rna

2. 其他用法

删除环境：conda remove -n rna --all

重命名： conda rename -n rna anr

查看环境：conda env list 或者 conda info -e

在小环境中用conda安装所需软件

1. 判断一个软件是否可用conda安装

1. anaconda官网查询
2. 命令行界面输入 conda search fastqc

安装所需软件

conda activate 环境名

conda install 软件名 还可以指定安装版本：conda install -y fastqc=0.11.7

fastqc --help 运行成功表示安装完成

fastqc --help > /dev/null 不输出，防止刷屏