Sentieon应用教程：本地使用-Quick_start

1、准备工作：

License的准备

Sentieon的准备

测试数据Quick_start的准备

2、检查License是否可用：

<SENTIEON_DIR>为sentieon-genomics-202308.03.tar.gz的解压地址；

<LICENSE_FILE>为License工具解压地址。

根据以上工具解压后使用如下命令启动License server：

<SENTIEON_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log licsrvr.log <LICENSE_FILE>

在当前目录下生成licsrvr.log，检查日志文件是否有错误，无误后进行下一步。

3、修改主脚本sentieon_quickstart.sh

工具路径修改：SENTIEON_INSTALL_DIR=<SENTIEON_DIR>

内存分配修改：export LD_RELOAD=<libjemalloc.so.2>

<libjemalloc.so.2>是一个内存分配器，在不同的Linux系统中有不同的位置，在进行修改前可进入目录查看是否存在，若不存在，需要进行安装jemalloc，对于不同的操作系统，不同的安装命令如下：

对于不同的操作系统，安装命令如下：

•RHEL/CentOS 8.x:

yum install epel-release
yum install jemalloc

默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.2

•RHEL/CentOS 7.x:

yum install epel-release
yum install jemalloc

默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.1

•Ubuntu 20.04 & 22.04:

apt update
apt install libjemalloc2

默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2

•Ubuntu 18.04:

apt update
apt install libjemalloc1

默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1

若对于没有预构建软件包的其他系统，请参考jemalloc GitHub有关如何构建和安装jemalloc的更多信息。

为方便使用，可在环境变量中在加载jemalloc库到Sentieon中：

###永久添加
vi ~/.bashrc #进入环境变量
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 #添加环境变量代码，具体路径可根据相应位置修改，保存后退出
source ~/.bashrc

以上需要对Linux较为熟悉，如后续报错可自行修改。

否则建议在主脚本sentieon_quickstart.sh中，添加以下命令；

例如，在CentOS 8.x系统上，在运行Sentieon工具之前，您可以使用以下命令设置环境变量：

vi sentieon_quickstart.sh ##编辑脚本
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libjemalloc.so.2 修改对应位置的路径，保存后退出

4、运行sentieon_quickstart.sh

nohup sh sentieon_quickstart.sh & #查看日志文件nohup.out和result/run.log，结果文件全在result目录下。