将rmd文件输出为含中文的pdf：踩过的坑及最终解决

软件准备

版本：win11

1. Rstudio已经安装好knit
2. Windows本地下载LaTeX（下载好即可，无需双击打开）https://miktex.org/download
3. 下载TinyTeXinstall.packages("tinytex")
4. 下载rticlesinstall.packages("rticles")

背景知识

1. rticles包内含有谢益辉编写的Rmarkdown模板，名字为CTeX，效果如图。英文RMarkdown其实是不需要CTex的，output里面指定输出格式为pdf_document即可。但是一旦有中文，那么pdf_document渲染的pdf就会缺失中文的内容，而CTex就是一种支持中文的LaTeX。RMarkdown渲染成pdf是先渲染成LaTeX，然后再转成pdf的，所以上面的准备工具中也可以看到需要安装一种LaTeX编译环境
   

   CTeX模板效果
2. Rmd输出过程首先R Markdown会将Rmd文件转化为一个名为knitr的文档， knitr可以理解为一个由纯文本和代码交织在一起的文档，然后再将这个文档转化为一个新的Markdown文件（.md），最后由pandoc转化为任意指定的文档格式。pandoc是一种标记语言转换工具，可以实现不同标记语言之间的转换。就这样，我们最终的数据分析报告得以呈现在大家面前。

Rmd输出过程

先放出最终解决

在新建rmd文件时，选择CTeX模板，并按如下格式修改头文件

documentclass: ctexart
keywords:
output:
    pdf_document:                                        #此处冒号后面为空！！
      latex_engine: xelatex
      fig_caption: yes
      number_sections: yes
      toc: yes 

做过的失败尝试1

安装rticles包

rticles包提供了适用于各类场景的rmd模板，安装以后便可以选择支持中文的模板，在rstudio菜单栏中依次选择file->new file->R Markdown，然后选择下图所示的模板。

修改头文件

output:
  pdf\_document:
    latex_engine: xelatex
    includes:
    in_header: head.tex

此步骤参考的链接：

https://blog.csdn.net/arcers/article/details/85281933?comment_content=%E7%BB%88%E4%BA%8E%E8%A7%A3%E5%86%B3%E4%BA%86rstudio%E4%B8%ADRmarkdown+%E7%9A%84.rmd%E6%96%87%E4%BB%B6knit%E6%88%90pdf%E4%BA%86%EF%BC%8C%E5%A4%AA%E6%84%9F%E8%B0%A2%E5%8D%9A%E4%B8%BB%E4%BA%86&comment_replyId=&article_id=85281933&comment_userId=&commentId=

第一次报错

output file: 201_第一步：构建Seurat对象.knit.md

! LaTeX Error: Unicode character 第 (U+7B2C)
               not set up for use with LaTeX.

Try other LaTeX engines instead (e.g., xelatex) if you are using pdflatex. See https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/latex-unicode.html
错误: LaTeX failed to compile 201_第一步：构建Seurat对象.tex. See https://yihui.org/tinytex/r/#debugging for debugging tips. See 201_第一步：构建Seurat对象.log for more info.
停止执行

做过的失败尝试2

打开MikTeX，设置→自动（即时）安装缺失的宏包→总是，记得修改xelatex

pdf文件为0kb

! LaTeX Error: Unicode character 第 (U+7B2C)
               not set up for use with LaTeX.

Try other LaTeX engines instead (e.g., xelatex) if you are using pdflatex. See https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/latex-unicode.html
错误: LaTeX failed to compile 一个测试.tex. See https://yihui.org/tinytex/r/#debugging for debugging tips. See 一个测试.log for more info.
停止执行

输出成功了，但文档里面没有中文

再检查一遍发现fatal error居然是……

发现有一段报错一直出现，但是没有在意

Locale 'Chinese (Simplified)_China.936' is unsupported, and may crash the interpreter.

寻因

将报错复制到bing，显示是perl相关的错误，而在github也发现了类似的报错，谢益辉此前在https://github.com/rstudio/tinytex-releases/issues/43给出过解决方案，但不太清楚

用户 Raspberrypi4b给出了具体解决方案

https://github.com/rstudio/tinytex/issues/439

划重点

RMarkdown输出pdf首先需要latex的支持，因此要下载tinytex包，而此时输出pdf，则会出现“只有英文没有中文”的情况（936 error），此时安装rticles包，选择支持中文pdf的ctex格式，就解决问题了。因此，要做到以下几点：

• 在系统修改UTF-8编码
• CTeX格式为唯一支持中文rmd输出为pdf的格式
• 必须保证output的latex_engine: xelatex
• 在下一次尝试输出pdf文件时，请关闭先前打开的所有pdf文档

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友情链接

rmarkdown官方帮助文档

如何在Linux系统rmd转pdf？

https://blog.csdn.net/arcers/article/details/85281933?comment_content=%E7%BB%88%E4%BA%8E%E8%A7%A3%E5%86%B3%E4%BA%86rstudio%E4%B8%ADRmarkdown+%E7%9A%84.rmd%E6%96%87%E4%BB%B6knit%E6%88%90pdf%E4%BA%86%EF%BC%8C%E5%A4%AA%E6%84%9F%E8%B0%A2%E5%8D%9A%E4%B8%BB%E4%BA%86&comment_replyId=&article_id=85281933&comment_userId=&commentId=

记录RMarkdown输出PDF的设置

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