从头学R语言——DAY 3

原创

橙子7

发布于 2024-07-25 18:53:16

480

发布于 2024-07-25 18:53:16

文章被收录于专栏：从头学R语言

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R包

R包直接在Rstudio页面下载的3大来源：官网CRAN、Biocductor、github

设置镜像

CRAN的镜像网站可以直接在tools-global options（或快捷键“command”+“，”）-packages中设置，这样一劳永逸，不用每次安装前设置

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))  
options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

命令安装

具体R包来自哪里，谷歌必应搜索即可

install.packages("stringr")
BiocManager::install("limma")

加载R包

library()或require()都可以

library(limma)

dplyr包

dplyr作为tidyverse中的核心包之一，主要用于数据转换。因为用ggplot等进行可视化，必须要求数据格式完全符合要求，但这种情况极其罕见，所以我们需要dplyr来转换数据。此处先掌握dplyr的5个基本函数：mutate()，select()，filter()，arrange()，summaries()；1个重要的管道工具%>%

#用dplyr包进行数据转换

#5个核心函数
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

#mutate()，新增列
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

#select(),提取列
select(test,1)    #类似向量提取元素，可以按位置和名称两种方式提取
select(test,Species)

#filter()，提取行
filter(test,Species=='setosa')
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )
filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))

#arrange()，按列排序
arrange(test, Sepal.Length)     #默认从小到大排序
arrange(test, desc(Sepal.Length))     #用desc从大到小

#summaries()，汇总，通常与group_by()联用
summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差
# 先按照Species分组，计算每组Sepal.Length的平均值和标准差
group_by(test, Species)
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

#2个实用工具
#管道工具，表示然后
test %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
#计数某列的unique值
count(test,Species)    #error！运行报错，要求test为list，但此处test是data.frame

#关联数据，合并数据框
#内连接，取交集
inner_join(test1, test2, by = "x")
#左连接，完善左数据
left_join(test1, test2, by = 'x')
#全连接，取并集
full_join( test1, test2, by = 'x')
#半连接，返回能够与y表匹配的x表所有记录
semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')
#反连接，返回不能与y表匹配的x表所有记录
anti_join(x = test1, y = test2, by = 'x')