GWAS分析神器：GAPIT3.5安装教程

大家好，我是邓飞。

我学习GWAS主要是为了入门数据分析，或者入门了数据分析之后发现GWAS学习更有意思了，之前把学习过程中的笔记写了一本书：快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程V6版，看起来很受欢迎，其实内容没有多少，之所以吸引小白看，因为我是从小白来的，小白的关注点都是我曾经的关注点。

有一种效应叫：“知识诅咒”，意思是你学会之后，就忘记了学习中可能关注的问题，以及初学者可能遇到的问题，虽然你已经会了，但是很难教授初学者，换句话说，你get不到小白的点。说到这里，我想到我学习生信时，自学perl语言，死活搞不定文件句柄是什么玩意，搜了一大堆东西，还是不知所云，好像没有人关注这个要点，把我为难了好几天。当时如果有视频教程就好了……

当时我学习GWAS的时候，也是面临同样的问题，GWAS的流程一大堆代码，但很多都是人云亦云，模型的细节、数据的准备、结果的解读都无关紧要，好像做GWAS就为了得到QQ图和曼哈顿图。

当然，如果能先把流程走通，再学习是最优的路径，所以，我推荐先参加两天系统的培训，然后有问题，再技术答疑。GWAS分析先做后学

目前我的版本是：GAPIT3.4

移除这个包：

网站：https://github.com/jiabowang/GAPIT

1，直接安装

devtools::install_github("jiabowang/GAPIT", force=TRUE)
library(GAPIT)

报错：

如果网络条件允许，这种方法是可行的，但是不允许，那就用第二种，下载到本地安装。

2，本地安装

https://github.com/jiabowang/GAPIT/releases/tag/GAPIT3.5

把压缩包放到D盘的gapit3.5文件夹中，运行代码：

install.packages("d:/gapit3.5/GAPIT-GAPIT3.5.tar.gz",repos = NULL,type = "source")

安装好之后，显示还是3.4：

但是看帮助文档：

估计是名字写错了，这应该就是最新的版本，所谓的GAPIT3.5了。

这次，终于可以在R中查看GAPIT的帮助文档了：