群体遗传三剑客第三篇：megacc和ggtree进化树分析

大家好，我是邓飞。

之前计划写群体结构三剑客的博文，写了两篇了：

搞起来！群体遗传三剑客：PCA、Admixture、进化树

群体遗传三剑客第一篇：分组和不分组的PCA分析，添加解释百分比

群体遗传三剑客第二篇：Admixture群体结构分析

今天介绍一下进化树分析最常用的软件：MEGA和ggtree。注意，MEGA这里用的是Linux版本的命令行megacc，ggtree是R包，主要用于可视化。

软件介绍：

MEGACC 是 MEGA 的命令行版本，能在无图形界面的环境里进行进化分析，软件地址：https://www.megasoftware.net/

ggtree是Y叔开发的R包，主要用于进化树结果的可视化，软件地址：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ggtree.html

plink格式的数据进化树分析步骤：

1，计算亲缘关系距离矩阵

plink --file aa --allow-extra-chr --chr-set 60 --distance 1-ibs square flat-missing --genome --out IBSdis

2，整理结果

将id结果和亲缘关系结果分别整理为megacc支持的格式：

id名称格式：

亲缘关系矩阵格式：

3，将上面的两个文件整理为megacc支持的格式

上面是ID信息，下面是半三角的关系矩阵：

4，使用megacc计算进化树，得到nwk文件

megacc -a infer_NJ_distances.mao -d ibs_dismatrix.meg -o mega_IBSout

5，使用ggtree绘制进化树

library(ggtree)
tree = read.tree("mega_IBSout.nwk")

# 正常的图
tiff("tree1_plot.tiff",width = 12, height = 8, units = "in",compression = "lzw",res=300)
ggtree(tree, ladderize = FALSE, branch.length = "none") + geom_tiplab2(size=.1) + theme(legend.position = "right")
dev.off()
# 圆圈图
tiff("tree2_plot.tiff",width = 12, height = 8, units = "in",compression = "lzw",res=300)
ggtree(tree, layout="fan", ladderize = FALSE, branch.length = "none") + geom_tiplab2(size=.3) + theme(legend.position = "right")
dev.off()

结果：

也可以添加分组信息：