更新R包版本还有这个不为人知的秘密

背景简介

共享服务器，考虑到用户的需求，服务器维护团队已经在服务器上安装了1300+的公共R包，路径为： /refdir/Rlib。

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一般来说，用户只需要在 .libPaths 中添加服务器公共R包即可调用，有两种方法（其中4.4需要根据服务器的R语言版本进行适当修改）：

• 方法一（需要每次登陆服务器中都设置一下）：

直接在 .libPaths() 中添加服务器公共R包的路径即可。但是这样设置仅仅是当前R会话生效，当会话重启或者切换了其他项目 Rproj 之后就会失效。

1. .libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4',
2. '/refdir/Rlib',
3. '/usr/local/lib/R/library'))

• 方法二（是一次设置长期有效）：

ssh 登陆服务器创建一个 .Rprofile（R语言配置文件）然后在这个文件中输入你要调用R包的位置即可。示例代码如下：

1. echo ".libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4',
2. '/refdir/Rlib',
3. '/usr/local/lib/R/library'))">>~/.Rprofile

设置后了之后，重启 Rsession 即可生效：

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需要注意的是：服务器公共R包  /refdir/Rlib的版本不一定是最新的，且不一定兼容所有环境。不同用户的需求不同，可能需要用到不同版本的R包，用户需要请自行安装到自己目录下，示例方法：

1. install.packages("xx",lib ="~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4")

有一些用户的分析环境更加复杂，比如使用了conda环境里的R，就需要用户自行再根据其个人环境进行个性化修改，需要用户有较强的R包管理基础。

问题描述

用户在分析过程中，原先已经在个人目录下安装了 Seurat5 版本，且可以正常使用。现在分析需求要将Seurat 版本降低为 V4，需要重新安装R包，但是遇到问题，无论怎样，都无法降级R包 Seurat 至 V4 版本，报错截图：

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解决方法

首先，用户原先 Seurat 版本为 5.2.0，用户前面 library(Seurat) 将其加载到环境中。然后remove之后，重装R包 Seurat V4 版本，再重新检测的时候，版本依然为 5.2。这是因为在该会话中，用户library Seurat V5 版本，已经加载到会话环境中，重装版本需要结束掉当前会话或者重启会话环境，才能将前面的R包缓存清空。重启会话的方法是：

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之后再重新加载 Seurat 包，就可以发现版本已经修改为 V4

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