转录组分析流程和工具大全（最强总结）

看到有些朋友还在手搓 Bulk 转录组分析流程，然后碰到问题又在群里提问。今天我们就来盘点一下 usegalaxy.cn 平台上被广泛使用的 Bulk 转录组分析流程和工具。

这些流程和工具都可以免费在线使用，并且任何人都可以对分析流程自行进行编辑，以期符合项目分析需要。用户还可以自行创建流程，除了自用，还可以与他人分享，加强学术交流与合作。

首先进入平台，找到“公共流程”页面，搜索：RNAseq，即可看到所有可用的转录组流程：

图片

有参转录组定量分析流程（经典版）

经典流程采用的软件：

• • fastp，下机数据质控，得到 Clean data。
• • hisat2，将 Clean data 比对到参数基因组。
• • featureCounts，定量分析。
• • multiQC，质控结果汇总
• • FPKM/TPM/CPM Calculator，计算 FPKM / TPM / CPM。
• • Merge RNA-seq Counts，将单个样本表达量汇总成表达量矩阵。

本流程有 PE （Paired-End）和 SE（Single End）两个版本，分别用于双端测序数据和单端测序数据。

• • 双端测序数据：每个样本有两个测序文件，由 R1 和 R2 区分。
• • 单端测序数据：每个样本只有一个测序文件。

双端测序数据

图片

流程预览：

图片

单端测序数据

图片

流程预览：

图片

有参转录组定量分析流程（升级版）

升级版流程与经典版本流程的区别在于使用的质控和比对软件不一样。升级版与经典版流程的具体定量数值可能有差别，但样本之间的趋势通常不会有变化。

推荐优先使用经典版本。因为经典流程速度通常更快。

• • Trim galore， 用于下机数据质控，得到 Clean data。
• • STAR，将 Clean data 比对到参考基因组上。

双端测序数据

图片

流程预览：

图片

单端测序数据

图片

流程预览：

图片

无参转录组定量分析流程

无参转录组流程使用的软件：

• • Trim galore，用于质控。
• • Kallisto，用于定量。

当然，也可以将 Kallisto 更换为其他的基于无参的定量软件，比如：salmon 等。

image.png

流程预览：

image.png

Galaxy 平台转录组流程的优点

一键分析，操作简单，小白也能快速上手做转录组分析

仅需上传数据，选择参考基因组及对应的基因注释文件即可以开启分析，用户无需准备其他材料。

图片

可视化流程运行图，分析进程随时掌握

流程运行整体视图：

图片

每一个步骤还可以分析点击查看：

图片

转录组下游分析工具

经过上游分析，拿到表达量矩阵后，即可进行下游分析了。用户可以借助 R 语言完成，平台也提供了非常丰富的转录组下游分析工具，以下仅列出一些常用的。

DEseq2 - 差异基因分析

图片

clusterProfiler - Y 叔基因富集分析三件套

clusterProfiler bitr - 进行基因 ID 转换

图片

clusterProfiler enrichGO - 进行 GO 富集分析

图片

clusterProfiler enrichKEGG - 进行 KEGG 富集分析

图片

EnhancedVolcano Plot - 火山图绘制

图片

效果图：

图片

PCA plot with FactoMineR - PCA 绘图

图片

效果图：

图片

heatmap2 - 热图绘制

图片

推荐阅读

中国银河生信云平台（UseGalaxy.cn）以“让生信分析更简单”为使命。平台致力于为科研工作者、医疗机构和生物产业技术人员提供全栈式生物信息学分析解决方案。