【真实】复现顶刊图例，你还在到处求人？教你10分钟搞定！

下图是热图和文本注释框的组合图，来自2024年11月7日发表在高分杂志Blood的文章，我们今天就来复现这张图！

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原文链接：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11561541/

热图的数据：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11561541/#appsec1

开始！复现！

第1步

安装AICoder

安装教程：https://dftianyi.feishu.cn/wiki/EuaHwYkzci88C8kbhbHcMuAAnff

第2步

提出详细要求

详细的要求写入CLAUDE.md文件中，它会作为你和 AI coder之间的共享上下文。 

# 绘制图

## 图的含义：
当前文件夹中的Fig4a.png是《Epigenetic Regulation of Non-canonical Menin Targets Modulates Menin Inhibitor Response in Acute Myeloid Leukemia》文献中的结果图（Fig4a）

为了研究 PRC1.1 缺失的白血病细胞的耐药机制，用DMSO或VTP50469处理的PCGF1野生型和敲除型OCI-AML2细胞中进行转录组测序分析。差异基因表达分析发现，在野生型细胞中，menin 抑制后有1117个基因上调、950个基因下调（fold change >1.5; adjusted P value <.01）。K-means 聚类分析确定了4个具有不同基因表达模式的簇：
● cluster 2基因：与造血系发育和髓系分化相关，在PCGF1敲除后VTP50469对其激活作用减弱；
● cluster 3基因：富含MLL融合癌蛋白靶标，如MEIS1、PBX3和MEF2C，在PCGF1野生型和敲除型细胞中均被VTP50469抑制；
● cluster 4基因：包括MYC、LRP5和RUNX3，与MYC基因特征和核糖体生物合成相关，在野生型细胞中被抑制，但在PCGF1缺失细胞中未被抑制（图4A）。
## 工具
R或者python

## 处理步骤
1、读取数据
2、制作注释框标记基因的信息
3、注释通路文字框
4、注释pvalue文字框
5、绘制热图

## 最终结果呈现
热图要有显著性差异，根据数值做聚类，使得图形美观，不同cluster之间隔开一点距离，热图中相应cluster与文字注释框对齐。图注在图的四周，不要遮挡图中文字，图形尺寸要小于画布大小，防止图形溢出。对于生成的结果图，检查对照与预期图的差别，循环优化调整代码直到与预期图一模一样。
## 语言
中文

第3步

准备好数据文件、预期图形以及详细要求（CLAUDE.md）：

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进入AI coder，输入指令，开始执行！

指令：读取当前路径下的文件，我想要复现Fig4a.png图，数据使用表格中的数据，生成的结果图要一模一样。只需要一个完整的脚本和一个最终的结果图，中间文件不保留

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中间会有执行步骤和中间结果检查。在这个过程中，你的角色已经发生了根本性的转变，不再只是编写代码——你在策划知识、设定边界，并教导 AI 系统如何有效工作。

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第4步

结果检查

你可以另外新开一窗口，随时检查结果的正确性，如果发生偏差，在对话中及时调整。

例如：下图图形的整体接近预期图，但是一些细节部分有所偏差，比如：字体过大有重叠，热图颜色差异不显著等。这时你就可以把你的要求告诉AIcoder，让它做进一步调整！

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指令：目前生成的结果图整体布局正确，但是细节需要调整，我希望热图的颜色对比鲜明，并且图中的字体不能有遮挡。

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经过调整，结果图进一步优化，几乎与预期图相同！此刻的结果图已经可以放到文章中使用了，但是如果你有强迫症，一定要它俩完全相同，那你可以通过指令进一步调整。在你调整的过程中，你会积累一些经验，这些都可以作为你下一次制定CLAUDE.md的重要参考。

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结论

实践证明，有数据、有目标、指令清晰，只需要十分钟即可完成图例的复现工作！